awk檔案比較條件輸出

file1

chr2        intron          25           30          -        m

chr2        intron          46           71          -        m

chr2        intron          79           90          -        m

chr2        intron          107           130          -        m

chr3        intron          258           271          -        n

chr3        intron          279           290          -        n

chr3        intron          307           330          -        n

file2

chr2        cds        36          98          -        m

chr3        cds        246          295          -        n

首先file1中的

($1

和$6)

和 file2

中的 ($1 and $6)

相同,

之後 其每行的

file1

中的($3 和$4

）若處於

file2($3 and $4)

的範圍中

,則列印出來。

期望得到的結果:

chr2        intron          46           71          -        m

chr2        intron          79           90          -        m

chr3        intron          258           271          -        n

chr3        intron          279           290          -        n

處理方法：

awk 『nr==fnrnr!=fnr&&a[$1,$6]{split(a[$1,$6],t)if($3>t[1]&&$4解析：

先對file2按照第乙個欄位和最後乙個欄位為陣列進行統計，之後讀取第二個檔案，如果存在，並且符合在兩個數字範圍的話進行輸出。

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