rose（rank ordering of super-enhancers）是麻省理工學院richard a. young實驗室開發的一種通過bam檔案及gff檔案尋找enhancer及其相關基因的工具，此工具由python編寫。專案主頁：
rose依賴軟體有：python 2.7.3, r 2.15.3, 和 samtools 0.1.18，因此在安裝rose前，首先確保伺服器上安裝了這三個工具。關於這三個工具的安裝，可以檢視這篇博文： rna-seq分析伺服器安裝生信工具過程。
rose安裝方式見以下**：
wget
unzip 1a9bb86b5464.zip
# 解壓後檔案見下圖，可以直接通過python *.py呼叫工具
# 引數解釋
-g refseq參考基因組
-i 輸入gff檔案，一般為使用macs鑑定得到的med1富集區域（gff具體格式下文介紹）
-r 排序後的bam檔案，同時需為bam新增index
-o 輸出檔案目錄
#可選引數
-s stitching_distance，合併兩個region的最大距離，預設值為12.5kb
-t tss_exclusion_zone_size，排除tss區域大小，排除與tss前後某距離內的區域，以排除啟動子偏差（預設值：0;推薦值：2500）。如果設定該值為0，將不會查詢基因。
-c control_bam，control樣本的bam檔案
gff檔案格式要求：gff檔案必須有以下列
1.染色體位置（chr#）
2.每個增強子區域的特定id
4.區域起始位置
5.區域終止位置
7.正負鏈資訊（+, -, .）
gff格式參考：
rose也有轉換bam為gff的工具，在執行rose_mian.py時，會呼叫rose_bamtogff.py。
rose_main.py執行例項：
python $soft_path/rose_main.py -g hg38 -i $work_path/gtf/kyse510_peaks.bed \
-r $work_path/samtools_sort/sort_treat1.bam -c $work_path/samtools_sort/sort_control1.bam \
-o $work_path/rose/kyse510 -s
12500 -t 2000
2>$log_path/kyse510_enhancer.log
輸出檔案如下：
1.**output_directory/gff/*.gtf該檔案為輸入gtf檔案的副本；
2.**output_directory/gff/*stitched*.gtf該檔案為通過在stitching_distance將input_constituent_gff拼接在一起建立的gff檔案；檔案列數如下：
chrom, name, [blank], start, end, [blank], [blank], strand, [blank], [blank], name
其中name欄位的命名方式為：拼接起來的區域數+最左端區域id。
5.**output_directory/stitched_enhancer_region_map.txtbamtogff計算後得到的拼接增強子密度檔案，包含以下列：
（拼接增強子id，染色體，拼接增強子起始位置，拼接增強子末端位置，拼接數，bam訊號等級，bam訊號）
6..**output_directory/*_allenhancers.table.txt增強子列表，包含每個增強子的排名和是否為超級增強子，包含以下列：
（增強子id，染色體，拼接增強子起始位點，拼接增強子末端，拼接數，拼接成分大小，bam的訊號，bam的等級，是否為超增強子：是（1）否（0））
7.**output_directory/* _superenhancers.table.txt超級增強子的排名，為*_allenhancers.table.txt檔案的子集。包含以下列：
（拼接增強劑id，染色體，拼接增強子起始位點，拼接增強子末端，拼接數，縫合在一起的成分的大小，ranking_bam的訊號，ranking_bam的等級，超增強子的二進位制（1）與典型（0））
8.**output_directory/*_enhancers_withsuper.bed可以載入到ucsc瀏覽器中視覺化的增強子bed檔案
9.**output_directory/*_plot_points.png所有增強子散點圖，如下圖：
# 引數解釋
-i input 輸入rose_mian.py生成的enhancer table檔案
-g genome 輸入genome資訊（mm9,mm8,hg18,hg19等）
-o out 輸出路徑
# 可選引數
-l genelist 要過濾的基因列表
-w window 搜尋基因距離，預設值為50,000bp
-f format 如果使用此引數，將保持原輸入檔案格式輸出
-g hg38 -o $work_path/rose/te7 2>$log_path/te7_enhancer_anno.log
輸出檔案如下：
1.**output_directory/*enhancer_to_gene.txtenhancer重疊基因、附近基因以及最近的基因列表
2.**output_directory/*gene_to_enhancer.txt以每個基因為列名的和其相關的增強子位置資訊列表
得到這兩個**即可對基因進行篩選然後進行go及kegg分析等。
下圖是執行兩工具的結果截圖：
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