群體遺傳學 Fst指數

2021-08-11 21:08:06 字數 1265 閱讀 7293

群體遺傳學中衡量群體間分化程度的指標有很多種,最常用的就是fst指數。

fst指數,由f統計量演變而來。f統計量(fis,fif,fst)主要有三種。

fst是針對一對等位基因,如果基因座上存在復等位基因,則需要用gst衡量,

基因差異分化係數(gene differentiation coefficient,gst)。

假定有s個地方群體,第k個地方群體相對大小為wk,第k個地方群體

中第i個等位基因頻率為qk(i),雜合體頻率觀察值為hk,那麼整個群體

中觀察到的雜合體頻率平均值hi,地方群體為理想群體的期望雜合

體頻率平均值hs,整個群體為理想群體的期望雜合體頻率ht,分別

為:

fis,是hi相對於hs減少量的比值,即地方群體的平均近交係數。

fst,是hs相對於ht減少量的比值,即有親緣關係地方群體間的平均近交係數。

fit,是hi相對於ht減少量的比值,即整個群體的平均近交係數。

可見,三者在數量上的關係為:

從配子間親緣關係角度分析,fst和fit分別相當於地方群體和整個群體中攜帶的

一對等位基因是同源的概率,而fst是從兩個地方群體中任意抽取的兩個配子是

同源的概率。從兩個地方群體中任意抽取的兩個配子是同源的概率大,表明兩

個地方群體的遺傳組成相似,分化程度低;反義,分化程度高。

fst取值範圍[0,1],最大值為1,表明等位基因在各地方群體中固定,完全分化;

最小值為0,意味著不同地方群體遺傳結構完全一致,群體間沒有分化。

wright建議,實際研究中,fst為0~0.05:群體間遺傳分化很小,可以不考慮;

fst為0.05~0.15,群體間存在中等程度的遺傳分化;

fst為0.15~0.25,群體間遺傳分化較大;

fst為0.25以上,群體間有很大的遺傳分化。

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