sequenceserver 安裝及介面優化

2021-08-13 03:23:14 字數 1101 閱讀 7945

至此安裝就大功告成了,接下來,就是介面優化了,傳統的介面,是將所有物種全部列出,如果物種少,對介面沒有太大的影響,但是,如果物種一多起來,那麼,這個介面將被無限拉長,既不美觀,也不方便他人的使用。因此,本人在此使用jstree這也小外掛程式來解決這一問題。

5 jstree 的新增

1)新增前需要的外掛程式:

1、jstree的css檔案,具體的,是在目錄/public/css中加入themes資料夾,新增相關檔案即可

2、jstree的js檔案,只有檔案jstree.js、jstree.min.js兩個,在public/js中加入這兩個檔案即可。

2)新增前需要的操作;

1、對原始檔案重新命名分別命名為a_b_genome.fasta、a_b_proteins.fasta、a_b_cds.fasta、a_b_scaffold.fasta

2、對原始檔案中的序列號進行重新命名,該步驟因人而異,但序列號中必須有物種名(links.rb中對此有嚴格要求)

6 配置系統檔案,使系統支援jstree這一外掛程式

1)在檔案gruntfile.js中指定jstree.min.js的所在位置('/public/js/d3.v3.min.js')

2)修改檔案links.rb,修改的目的是為了保證sequenceserver能在後台識別blast庫中的不同物種,並給這些檔案取乙個新名字,方便接下來的分類修改格式為

taxa["seq_id"] = "seq_id"

(說明:中括號中的資訊是原始檔中的序列資訊,等號右邊的是新取的名字)

3) 在資料夾/lib/sequenceserver中加入 hierarchy.rb這一檔案,該檔案的作用是將不同物種按生物學依據分類

'species1' => 'group1'

4) 在目錄檔案sequenceserver.rb(path:/lib)中新增子目錄hierarchy.rb

5)對routes.rb也有相應的操作,略。

7 修改sequenceserver介面

直接對目錄/views下的search.erb進行操作可按照需要修改導航欄,但是目前尚未解決導航欄下拉列表顯示問題。

(本說明文件僅由本人修改、總結、其中有新添一些步驟,如有疑問,可聯絡:qq1165186532)

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