如何根據空間群產生對稱的分子

2021-08-28 15:31:51 字數 517 閱讀 7946

利用pdb中的空間群和ccp4中的pdbset。 一:

pdbset中有個選項symgen,可以實現該操作,例如:

pdbset xyzin 1904_home_refine_5.pdb xyzout temp.pdb

symgen p212121

eof二:如果要求計算平移對稱性,同樣可以使用pdbset,如分別根據不同軸進行平移

pdbset xyzin "$outdir/first.pdb" xyzout "$outdir/xtran.pdb"

eofpdbset xyzin "$outdir/first.pdb" xyzout "$outdir/ytran.pdb"

eofpdbset xyzin "$outdir/first.pdb" xyzout "$outdir/ztran.pdb"

eof

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