trinity
1cat1m_reads_sample/*.left.fq > reads.all.left.fq
2cat1m_reads_sample/*.right.fq > reads.all.right.fq
1$trinity_home/trinity.pl --seqtype fq --jm 10g --left reads.all.left.fq --right reads.all.right.fq --ss_lib_type rf --cpu 6 --seqtype fq —-output ./trinity_out_dir
輸出檔案：trinity
.fasta
1$trinity_home/util/trinitystats.pl trinity_out_dir/trinity.fasta>./assembly_report.txt
輸出檔案：assembly_report.txt
1$trinity_home/util/align_and_estimate_abundance.pl --transcripts trinity.fasta --seqtype fq --left reads_1.fq --right reads_2.fq --est_method rsem --aln_method bowtie --trinity_mode —prep_reference
比對輸出：bowtie.csorted.bam
rsem輸出：
rsem.isoforms.results : em read counts per trinity
transcript
rsem.genes.results : em read counts on a per-trinity
-component (aka... gene) basis, gene used loosely here.
過濾比對：
1$trinity_home/util/filter_fasta_by_rsem_values.pl
--rsem_output=/path/to/rsem.isoforms.results[,...] --fasta=/path/to/trinity.fasta --output=/path/to/output.fasta
--fpkm_cutoff=1200
過濾值需要根據需求自己設定。
假定有四個樣本，轉錄本定量輸出為：
log.isoforms.results
ds.isoforms.results
hs.isoforms.results
plat.isoforms.results
注意：--samples_file為樣本分組資訊檔案 group.txt ,例如：
throat sample2.sam
saliva sample3.sam
throat sample4.sam
vaginal sample5.sam
--contrasts 為樣本不同條件下比較compare.txt：
throat
saliva
vaginal saliva
throat vaginal
1$trinity_home/trinity-plugins/transdecoder/transdecoder -t transcripts.fasta -m 100 —search_pfam /path/to/pfam_db.hmm to search —cpu 6
輸出檔案：
、sqlite、ncbi blast、hmmer、signalp v4、tmhmm v2、rnammer比對資料庫：swissprot、uniref90、pfam domains
標準化資料：
檢視源**
列印幫助
1makeblastdb -inuniprot_sprot.fasta -dbtype prot
2makeblastdb -inuniref90.fasta -dbtype prot
3hmmpress pfam-a.hmm
blast比對（比對的資料庫可以換成nr/
uniref90）
# search trinity
transcripts
1blastx -query trinity.fasta -db uniprot_sprot.fasta -num_threads 8 -max_target_seqs 1 -outfmt 6 -evalue 1e-5 > blastx.outfmt6
# search transdecoder-predicted proteins
1blastp -query transdecoder.pep -db uniprot_sprot.fasta -num_threads 8 -max_target_seqs 1 -outfmt 6 -evalue 1e-5 > blastp.outfmt6
功能域
1hmmscan --cpu 8 --domtblout trinotatepfam.out pfam-a.hmm transdecoder.pep > pfam.log
訊號肽1signalp -f short -n signalp.out transdecoder.pep
跨膜結構
1tmhmm --short < transdecoder.pep > tmhmm.out
識別rrna
1$trinotate_home/util/rnammer_support/rnammertranscriptome.pl --transcriptome trinity.fasta --path_to_rnammer /usr/bin/software/rnammer_v1.2/rnammer
輸出：trinity
.fasta.rnammer.gff
檢視源**
列印幫助
1$trinity_home/util/support_scripts/get_trinity_gene_to_trans_map.pl trinity.fasta >trinity.fasta.gene_trans_map
2
3trinotate trinotate.sqlite init --gene_trans_map trinity.fasta.gene_trans_map --transcript_fasta trinity.fasta --transdecoder_pep transdecoder.pep
1trinotate trinotate.sqlite load_swissprot_blastp blastp.outfmt6
2trinotate trinotate.sqlite load_swissprot_blastx blastx.outfmt6
3trinotate trinotate.sqlite load_pfam trinotatepfam.out
4trinotate trinotate.sqlite load_tmhmm tmhmm.out
5trinotate trinotate.sqlite load_signalp signalp.out
6trinotate trinotate.sqlite report >trinotate_annotation_report.xls
輸出檔案：trinotate_annotation_report.xls
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