通哥點評
clustalw是一款經典的多序列比對工具，在高通量測序開始之前已經被廣泛使用了，具有非常高的引用率。可以進行多個同源基因的多序列比對，比對完成之後可以用於構建分子數。在高通量測序時代，clustalw依然具有重要的作用。是一款需要掌握的生物資訊工具。
一、功能分類：
多序列比對
二、軟體官網：
三、軟體介紹:
clustal 系列軟體廣泛用於分子生物學的研究中。涉及的核酸、蛋白質的全域性多序列比對，為進一步構建分子進化樹等進化分析提供了基礎。最初的版本名命名為clustal，後來有了clustalｖ，以及clustal w和clustal xclustalx相比clustalw只是單存增加了圖形化介面，最新的clustal家族是clustal omega，在mega等軟體中也整合了clustalw的比對。
tar -zxvf clustalw-2.1.tar.gz
cd clustalw-2.1
configure
make
make install
五、軟體使用：
clustalw 提供了兩種操作方式：
1、鍵盤互動的選單介面
2、命令列方式
由於命令列模式引數比較長，看起來也比較複雜，
我們主要介紹鍵盤互動的選單介面執行方式。
執行culstal w，
我們看到會彈出乙個視窗。
各選項含義如下，2、3、4 分別代表了該軟體的三個功能：多序列比對、基於已有剖面的比
對、構建進化樹。
按照提示選擇不同的選項將得到你需要的結果。
1 輸入待比對序列；
2 進行多序列比對；
3 進行基於已有剖面（profile）的比對；
4 構建進化樹；
s 執行非clustalw 的系統命令；
h 開啟幫助檔案；
x 退出程式；
六、使用案例：
步驟1：匯入要比對的檔案。支援nbrf/pir, embl/swissprot, pearson (fasta), gde, clustal, gcg/msf多種序列格式。
步驟2：進行多序列比對。
選擇預設輸出的aln格式比對檔案。
按回車退倒上一層，選擇第一種比對模式，回車，然後再寫乙個輸出檔名即可。
步驟3：比對結束之後，在最外層的選單，選擇4，構建系統發育樹。
按x退出軟體。
七、注意事項：
1、敲clustalw2命令後面接-help即可輸出命令列選項，命令列模式可以進行批處理操作。
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