fastqc軟體安裝以及使用體驗

2021-09-27 11:55:18 字數 669 閱讀 6803

示例:fastqc -q -t 2 -o ./dir

4、結果含網頁版報告和乙個壓縮檔案

5、重頭戲解釋為什麼嫌棄自己:

!、centos因為自帶jdk,我用conda直接安裝fastqc,需要再次安裝jdk和其他依賴包。想解除安裝conda。而且一鍵安裝後,執行出現lc_all= 設定出錯:「我的伺服器整體語系設定為en.utf8,但是他報錯說無法設定lc_all,找不到檔案。各種搜,都沒解決,改了.bashrc,安裝了其他軟體,更新了字符集,都沒用。最後改了~/.bashrc-profile加入"lc_all=c"才解決問題。

!、未選擇conda安裝,自己直接官網下,unzip用,發現報錯:「x11什麼的沒安裝,就是圖形介面沒有」,提示將display的變數值設為『:0.0』,所以我又去~/.bashrc設定變數,source ~/.bashrc後執行依然報錯

!、然後我把fastqc後台執行,即使用 &。可以執行!perfect?no

!、檔案多,我用迴圈語句各種報錯,

示例#ls * | while read id ;do fastqc $id ;done&

#ls * | while read id ;do fastqc $id &;done

思考人生後,高手指點:#ls * | while read id ;do (fastqc -o -t -q $id &);done

結構體的定義以及使用

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