附
1、–bfile 、 --file 和 --tfile
讀取檔案
–bfile 讀取二進位制檔案，bed、bim和fam格式
–file 讀取文字檔案，ped和map格式
使用以上兩個命令時，檔案命名要一致，如test.bed、test.bim、test.fam
二進位制檔案比較小，處理速度比較快
2、–out
指定輸出檔案的名稱
3、–recode、 --make-bed 和 --transpose
格式轉換
（1）ped/map 轉換為tped/tfam格式：
plink --ped test.ped --map test.map --recode --transpose --out test1plink --file test --recode --transpose --out test1plink --tped test1.tped --tfam test1.tfam --recode --out test2plink --tfile test1 --recode --out test2plink --file test --make-bed --out test3plink --tfile test1 --make-bed --out test3plink --bfile test3 --recode --transpose --out test4plink --bfile test3 --recode --out testkeep為保留，remove為刪除
（2020.12.08更新，附加一些說明）
下面這條命令中的sampleid.txt由兩列構成，第一列為提取的樣本family id，第二列為within-family id（iid）。
plink --bfile test --keep sample.txt --recode --make-bed --out sample（2020.12.08更新，附加一些說明）
下面這條命令中的snp.txt由一列構成，該列為snp id，每行為乙個snp位點。
plink --bfile test --extract snp.txt --make-bed --out snp一行命令完成質量控制：
plink --bfile test --geno 005
--hwe 0.000001
--mad 0.5
--mind 0.1
--make-bed --out test_qc1
最近把質量控制部分又展開寫了寫，詳細可參看
使用plink對snp資料進行質量控制
1、–recode vcf
預設輸出檔案格式為vcf（廢話）
輸出檔案每行是乙個snp，表示形式如 0/1，缺失為na
2、–recode 12
預設輸出檔案格式為ped和map
輸出檔案每行是乙個樣本
a1編碼為1，a2編碼為2，兩位代表乙個snp位點，強制使用 --missing-genotype來定義缺失基因的編碼形式
3、–recode 23
預設輸出檔案格式暫時不知道，沒使用過
因為需要配合其他命令使用
4、–recode ad 和 --recode a
預設輸出檔案格式為raw，r語言可讀
使用0，1，2進行編碼，ad還包含dominant項（het為1，其他為0），ad每個snp編碼為兩位，a為一位
以上命令均基於plink1.90。
（2020.12.08更新，增加鏈結一條）
上文中只介紹了plink格式檔案的相互轉化，在基因組資料中還有一種很常見的檔案格式——vcf，下面鏈結介紹了三種vcf格式轉為plink格式的方法，其中有一種方法是利用plink命令來轉。
參考：
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