samtools flagstat/sra111111/srr111222/accepted_hits.bam
78406056 + 0 paired in sequencing (3)
39915264 + 0 read1 (4)
38490792 + 0 read2 (5)
4805744 + 0 singletons (6.13%:-nan%) (8)
(2)=(7)+(8)
(3)=(4)+(5)
usage: samtools flagstat$ samtools flagstat example.bam
11945742 + 0
in total (qc-passed reads + qc-failed reads) #總共的reads數
0 + 0
duplicates
11945742 + 0 paired in
sequencing #有多少reads是屬於paired reads
5972871 + 0
read1 #reads1中的reads數
5972871 + 0
read2 #reads2中的reads數
6412042 + 0 properly paired (53.68%:-nan%) #完美匹配的reads數：比對到同一條參考序列，並且兩條reads之間的距離符合設定的閾值
6899708 + 0
636656 + 0 singletons (5.33%:-nan%) #單獨一條匹配到參考序列上的reads數，和上乙個相加，則是總的匹配上的reads數。
469868 + 0
) #同上乙個，只是其中比對質量》=5的reads的數量
samtools view ./accepted_hits.bam | cut -f1 | sort | uniq | wc -l
ref:
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