find circ 識別circRNA 的原理

2021-09-07 10:44:37 字數 1163 閱讀 2335

find_circ 通過識別junction reads 來**circrna

和參考基因組比對完之後,首先剔除和基因組完全比對的reads,保留沒比對上的reads, 這部分reads 直接比是比對不上基因組的,因為其來自不同的外顯子區域,直接比對的話不允許這麼大片段的缺失,那麼如何區分剪下的spliced read 和 來自環狀rna的junction read呢,從上面的示意圖我們可以直接看出,spliced read 的兩部分比對在基因組上的前後位置和轉錄本中的位置保持一致,而來自circrna的junction read 其比對的位置是相反的;具體操作的時候,首先從junction read的5'端和3'端取一部分序列,分別叫做5' anchor 和 3" anchor, 如果兩個序列比對的位置是相反的,這條reads 就是乙個可能的junction read, 然後將anchor read 一直延伸,直到連線處為止,如果到連線處為止序列都能夠完全匹配,再看連線點處的剪下模式是否符合ag-gt的剪下模式,如果以上條件都滿足,就認定這是乙個circrna

通過對不同組織中的circrna 進行**,發現不同組織中存在的circrna的數量和種類是有差別的,就是說circrna 具有組織特異性

對人的不同的細胞系進行環狀rna的**,發現不同細胞系中存在的circrna的數量和種類都是有差異的,說明circrna 具有組織特異性;

**得到的circrna如何驗證:

以上面的circrna 為例,通常為擴增這一區域的線性rna, 我們採用的引物都是convertgent 所示的方向,但是為了擴增circrna, 引物的方向應該是divergent 方向

通過電泳的結果可以看到,對於cdna , 使用divergent 方向的引物可以擴增出circrna 片段,而對於基因組dna(gdna), 則擴增不出對應的片段來

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