mothur 計算稀釋性曲線

在微生物分析中，經常使用稀釋性曲線來評估測序量是否足夠；可以使用mothur 這個軟體來完成

rarefaction.single 命令用來做稀釋性曲線，既可以對單個樣本單獨分析，也可以一次對多個樣本進行分析

對多個樣本進行分析：以shannon 指數為例

需要準備乙個shared 檔案，shared 檔案格式可以參考mothur官方文件

示例shared 檔案如下:

label   group   numotus otu1    otu2    otu3    otu4

usearch a0 792 10125 1572 23 4210
usearch a1 792 2949 1759 6268 2368
usearch a2 792 16895 3861 5576 326
usearch a3 792 1114 3895 2945 1180
usearch a4 792 770 1506 108 450
usearch a5 792 4420 4657 109 265
usearch a6 792 3538 3430 3898 643

mothur 執行的命令如下：

mothur "#rarefaction.single(shared = sample.shared,label = userach,calc = shannon, groupmode = f, processors = 20)"

執行完成之後，在sample.shared 所處的目錄下，會生成一系列檔案：

1）每個樣本對應的 r_abund 檔案

示例如下：

usearch 414     10125   4644    4217    4210    4110    3241

其實這個檔案就是從sample.shared 中把每個樣本單獨抽出來

2） 每個樣本對應的 r_shannon 檔案

示例檔案如下：

numsampled      usearch lci     hci

1 0.0000 -0.0000 -0.0000
100 3.4685 3.2035 3.6901
200 3.6593 3.4758 3.7967
300 3.7319 3.6156 3.8696
400 3.7684 3.6695 3.8807
500 3.8004 3.6914 3.8794
600 3.8228 3.7240 3.9017

第一列是抽樣的次數，第二列數對應的shannon 指數的值，lci 和 hci 分別代表95%置信區間的左右邊界；

基於抽樣的次數和每次抽樣計算得到的shannon 指數的值就可以畫香濃曲線了：

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