qiime2 2019 1更新學習筆記

2021-09-10 17:50:34 字數 1472 閱讀 4196

qiime2 2019.1發布啦,繼續緊跟步伐,看看更新了哪些內容,一併備忘。

這個發布生版本主要針對更新依賴環境,公升級到了python 3.6,乙個新的 r-vegan adonis visualizer,修復了一些小bugs,虛擬機器映象和新的預訓練分類器立馬可得。後面qiime2的發布節奏會是這樣的:

qiime 2 2019.4

qiime 2 2019.7

qiime 2 2019.10

下面看一下這次發布有哪些亮點:

qiime 2 framework

qiime2環境用上了最新版的scipy, numpy, pandas, and matplotlib包。

文件更新了atacama 教程的參考文獻

library

針對軟體開發者的bug修復。

q2cli

糾正當使用qiime tools export匯出時的跨裝置鏈結錯誤,一般是由於/tmp掛載在乙個不同的檔案系統導致。

q2-longitudinal

更新了外掛程式引用以反映最終發布狀態。

q2-types

1)在使用元資料物件的qiime2操作中,featuretables可以在qiime2中用作元資料。確保您輸入的**方向正確!featuretables的預設方向支援將其用作示例元資料。使用新的轉置操作(見下文)將featuretables用作feature元資料。

2)已更新用於確保alphadiversityformat檔案效能良好的驗證器。此格式現在遇到問題時返回一條明確的錯誤訊息。

q2-feature-classifier

兩個class-consensus-*方法現在都有乙個query_cov引數,可以根據查詢覆蓋率篩選對齊結果。

q2-feature-table

新增了乙個新方法(transpose),該方法允許您轉置featuretable[frequence]的行和列.

q2-gneiss

修復了ilr-phylogenetic中的乙個錯誤,其中不匹配的表和樹會引起錯誤。

q2-diversity

1)修復了在某些環境中導致錯誤檢測可用核心數量的錯誤,該錯誤在一些方法中會導致虛假錯誤。

2)新增了乙個新的視覺化工具adonis,它包裝了vegan1r包中的adonis功能。此視覺化工具執行adonis(又名adonis)。permanova)測試。與beta-group-implementation操作不同,adonis可以執行多路permanova測試,並且可以對數值變數進行操作。它不生成圖或執行成對測試,因此β組顯著性操作仍然是單向permanova測試的最佳方法。

q2-metadata

修復了**中的ui錯誤,呈現的**現在可以更清楚地指示哪個列排序小部件屬於哪個列標籤。

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