1 醫療大資料平台建設存在缺陷
大資料環境下，醫療大資料平台建設存在的缺陷主要表現在以下兩個方面。一是缺乏規劃。我國尚未出台醫療大資料平台建設的相關政策，沒有形成戰略層面的巨集觀規劃、產業層面的中觀規劃和企業層面的微觀規劃相互配合的系統性規劃。二是發展不足。由於大資料背景下醫院大資料平台建設需要多種技術配合，但這些技術水平參差不齊，還不能滿足系統整合的要求。
2 資訊保安意識淡薄，許可權規範不合理
在資訊使用許可權方面，醫院大資料的資訊保安領域並沒有明確的法律規定，這就造成醫療大資料資訊保安防火牆缺失，構成了資訊保安隱患。醫療大資料的有關資訊，也在一定程度上涉及個人隱私問題，因此必須對個人資料安全給予高度重視，但是部分醫院在推進醫療大資料建設的過程中，並沒有全面認識到建立隱私保護、智財權、資料資訊保安等方面的醫療大資料法律與技術保障體系的重要性。因此，醫院不僅需要加強對隱私保護立法的認識，為個人醫療資訊的保密提供法律保障，還需要在居民健康資訊管理過程中，明確資訊使用許可權。
醫療資料安全技術保障領域，部分醫院的醫療大資料的安全和個人醫療資料的隱私保護同樣需要加強建設。關於系統保護方面，部分醫院在這方面的系統保護做得還不夠。就目前來看，對於個人資訊的管控還不是非常嚴格，「脫敏」「去標識化」處理不足，容易對個人隱私產生影響。此外，安全資訊通報制度還未建立，且「網際網路+健康醫療」服務安全工作機制還沒有完全建立起來，從而導致風險隱患化解和應對工作措施不夠系統規範。
3 醫療資訊人才缺少專業培訓
醫療大資料建設是一項具體的龐大工程，在這項工程建設中，許多專業性較強的事務需要大量的專業性人才來完成。當前，大部分醫院嚴重缺少醫療資訊人才，更缺少高素質的複合型資訊科技人才，這嚴重制約醫療大資料建設。由於醫療大資料建設中的技術工作對人員要求較高，一般技術人員難以勝任，導致醫院內高水平的資訊科技人員數量不足。
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