Fastq dump 我的日常命令

2021-09-19 21:14:22 字數 595 閱讀 6237

fastq-dump /path/to/###.sra

在無參組裝時,使用trinity軟體在使用以上預設命令後報錯會提示使用以下的命令:

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra

故最後得到命令是這樣的:

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-3 file.sra -o ../02.fastq

習慣預設輸出到上一層目錄中的02.fastq這個資料夾中。想要輸出到別的位置記得修改-o|--outdir引數喲

選加引數:

因為接下來會做蠻多的轉錄組或者基因組相關的工作,fastq-dump軟體簡直是大寶天天見,就像我陳飛師兄說的一樣garbage in, garbage out這第一步就出了岔子後續再怎麼分析都是白搭(突然想起我那11月開始做實驗到現在乙個多月因為一開始引物設計反了導致實驗一點結果都沒有的師兄。。心疼)

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