裝軟體就跟插線一樣
好訊息是anaconda推出了conda, 這是一款非常強大的非管理員下的軟體管理工具. conda有乙個官方的channel, 還有許多的第三方channel增加了conda能夠安裝的軟體.但是事情並沒有那麼美好,今天我偶然間看到一篇文章 notes on anaconda,裡面就說到了conda的channel的順序會造成許多軟體出現動態依賴庫找不到的噩夢. 因此作者說了下面這一句
i』ve learned more since writing these notes. now, i cannot recommend scientists use conda, at least to manage python, r, and r package installations.對於以上這些問題,我的建議有以下幾個
這是我的乙個yaml檔案,好久沒有維護了
# version1.0
# email: [email protected]
channels:
- -
- bioconda
- defaults
dependencies:
# workflow
- luigi
# fastq download and quality control methods
- sra-tools
- fastx_toolkit
- fastqc
- trimmomatic
- multiqc
# short reads alignment methods
- bwa
- bowtie
- bowtie2
- hisat2
- star
# short sequence alignment methods
- blast
# long sequence alignment methods
- mummer
- pymummer
- gmap
- blat
- lastz
# sam/bam/bed processing tools
- samtools
- bedtools
# snp calling methods
- bcftools
- freebayes
- gatk4
# vcf processing tools
- snpeff
# alignment-based gene/exon/transcript estimation methods
- htseq
# alignment-free transcript estimation methods
- salmon
- kallisto
利用anaconda進行環境配置
bash anaconda3 5.0.0 linux x86 64.sh一路回車，如果有需要回答的輸入yes就可以。在確認安裝位置時，可以修改，如果不修改就預設安裝到 root anaconda3目錄下,建議使用預設的安裝位置，並記住該位置，後續進行環境配置時會用到。下面就直接回車，開始安裝。安裝結...
慎用一鍵修改hosts軟體
最近在google 上，出現了一鍵修改hosts軟體。我建議慎用這種軟體，強烈推薦自己手動修改！原因一 hosts的檔案非常重要，它的作用是將你輸入的 轉換成相應的ip位址。如果你輸入的工行 被轉換成乙個轉殖的工行ip位址，後果不堪設想。原因二 它並不是一勞永逸的，而且ip位址發生了變化，就得再次用...
加速ubuntu server apt軟體管理器
在ubuntu server下可以通過apt get輕鬆安裝 公升級ubuntu軟體，但是就算你ubuntu server安裝的時候選擇的國家區域是中國，公升級與安裝新軟體的速度也很慢 我在深圳這邊確實這樣，也許其他地方會快 使用過ubuntu desktop的同學應該記得desktop下有軟體源管...