plink格式的map檔案和ped檔案

map格式的檔案, 主要是圖譜檔案資訊, 主要包括染色體名稱, 所在的染色體和所在染色體的座標.

map檔案包括：

example

1 snp1 0 1

1 snp2 0 2
1 snp3 0 3

bed格式的檔案, 主要包括snp的資訊, 包括個體id, 系譜資訊, 表型和snp的分型資訊.

.ped 檔案主要有 6 列，後面都是基因型：

example

1 1 0 0 1  0  g g  2 2  c c

1 2 0 0 2 0 a a 0 0 a c
1 3 1 2 1 2 0 0 1 2 a c
2 1 0 0 1 0 a a 2 2 0 0
2 2 0 0 2 2 a a 2 2 0 0
2 3 1 2 1 2 a a 2 2 a a

plink --file hapmap --out hapmap --make-bed

plink --file hapmap --geno 0.05 --maf 0.01 --out hapmap --make-bed

plink --file hapmap --indep-pairwise 500 10 0.1

plink --file hapmap --extract plink.prune.in --make-bed --out prunedhapmap

plink --file hapmap --thin  0.2 --out hapmap --make-bed

plink --file hapmap --geno 0.05 --maf 0.01 --indep-pairwise 500 10 0.1 --thin 0.2

plink --file hapmap --extract plink.prune.in --make-bed --out prunedhapmap

plink --bfile cluster_remove --recode --out data --noweb #由bed檔案轉為ped、map檔案

plink --file data --geno 0.05 --maf 0.01 --indep-pairwise 500 10 0.1 --thin 0.2
plink --file data --extract plink.prune.in --make-bed --out pruneddata

plink --23file file.txt --make-bed --out newfile

link --file genom0 --merge-list filesets3.txt --make-bed --out combdata

Gson解析（List和Map）格式json資料

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