利用seqtk處理序列檔案

2021-10-03 12:14:32 字數 837 閱讀 1460

1. fq檔案轉fa檔案

seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa
2.把長型的fa或者fq檔案折貼（加回車變成多行），且刪除序列名中的注釋資訊

seqtk seq -cl60 in.fa > out.fa
3.把折貼型的fq檔案（多行顯示）轉換成長型的（標準4行）

seqtk seq -l0 in.fq > out.fq
4.反轉得到互補連

seqtk seq -r in.fq > out.fq
5.按照序列名抽提序列，每行1個名稱

seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq
6.抽提還有序列片段（儲存在reg.bed檔案中）的序列

seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa
7.隨機抽平（雙端測序注意隨機種子設定一致，保證配對）

seqtk sample -s100 read1.fq 10000 > sub1.fq


seqtk sample -s100 read2.fq 10000 > sub2.fq
8.根據鹼基質量修剪序列

seqtk trimfq in.fq > out.fq
9.從左端（-b）或右端(-e)修剪一定數量鹼基

seqtk trimfq -b 5 -e 10 in.fa > out.fa

利用序列化進行檔案讀寫

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序列檔案 seq file 介面

內容簡介 本文主要講述序列檔案 seq file 介面的核心實現，如何使用它將linux核心裡面常用的資料結構通過檔案 主要關注proc檔案 匯出到使用者空間，最後定義了一些巨集以便於程式設計，減少重複 在分析序列檔案介面實現的過程中，還連帶涉及到一些應用陷阱和避免手段。序列檔案介面 unix的世界...

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