07 不同 vcf 注釋結果轉 maf

2021-10-06 09:02:53 字數 438 閱讀 9772

annovar 注釋後拿到的結果,還需要做乙個處理,就是在每乙個$.hg38_multianno.txt檔案中增加兩列,為tumor_sample_barcodematched_norm_sample_barcode,而最後的一列otherinfo我們暫時丟棄掉(如果你需要就不要丟棄),新增上這兩列資訊之後再把所有的 vcf 檔案合併成乙個annovar_merge.vcf。處理的方法如下:

cat config |

while

read

iddo

grep -v '^chr' ./7.annotation/annovar/$.hg38_multianno.txt |

cut -f 1-20

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