KEGG API 用法詳解上篇

2021-10-09 07:22:11 字數 3169 閱讀 9039

對於大多數的資料庫而言，api介面可以方便的從資料庫中檢索資料。kegg 資料庫的api 鏈結如下：

api 其實就是一種約定號的url 規則，通過特定的url 返回不同的資料。kegg 的 api 的url 構成如下：

…]]

字首都是,  接下來就是對應的操作，kegg 一共提供了以下7種操作：

info

list

find

getconv

link

ddi接下來詳細看下每種操作的用法

/info/database

database = kegg | pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag | ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network |

variant | disease | drug | dgroup | environ

示例 : 檢視pathway 資料庫的基本資訊

/info/pathway

pathway kegg pathway database


path release 85.0+/03-11, mar 18


kanehisa laboratories


570,005 entries


linked db module


kogenome


compound


glycan


reaction


rclass


enzyme


network


disease


drug


pubmed
列出資料庫中所有的記錄，或者列出指定條目的記錄

對於list  操作，共有3種不同的url 格式

第一種，檢視資料庫中所有的記錄

/list/database

database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | organism | medicus

示例：檢視所有ko的資訊

/list/ko

ko:k00001    e1.1.1.1, adh; alcohol dehydrogenase [ec:1.1.1.1]


ko:k00002    akr1a1, adh; alcohol dehydrogenase (nadp+) [ec:1.1.1.2]


ko:k00003    e1.1.1.3; homoserine dehydrogenase [ec:1.1.1.3]
/list/database/org

database = pathway | module

示例：檢視human對應的所有pathway 資訊

/list/pathway/hsa

path:hsa00010    glycolysis / gluconeogenesis - homo sapiens (human)


path:hsa00020    citrate cycle (tca cycle) - homo sapiens (human)


path:hsa00030    pentose phosphate pathway - homo sapiens (human)
/list/dbentries

dbentries = entries of the following database

database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例：檢視pathway 中map00010和map00040的資訊

/list/map00010+map00040

path:map00010 glycolysis / gluconeogenesis


path:map00040 pentose and glucuronate interconversions
/find/database/query

database = pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag |

ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

/find/genes/shiga+toxin

ece:z1464    stx2a; shiga-like toxin ii a subunit encoded by bacteriophage bp-933w


ece:z1465    stx2b; shiga-like toxin ii b subunit encoded by bacteriophage bp-933w


ece:z3343    stx1b; shiga-like toxin 1 subunit b encoded within prophage cp-933v

詳解LINQ入門（上篇）

前 言 最近和我們老大一起做技術面試 我是旁聽的 發現前來面試的沒幾個掌握甚至是丁點了解linq。這讓我很納悶，linq伴隨2008一起發布至今難道大家真的沒時間去了解一下或者學習一下這個應用基礎嗎。甚至問及有些人linq是什麼，答題者想都不想 linq to sql，崩潰！沒錯，linq是可以to...

基於DNS的全域性負載均衡（GSLB）詳解（上篇）

dns解析現在已經成為網際網路訪問的第一步，訪問網路資源必然要經過dns解析流程。對於乙個比較複雜的 來說，dns解析時間大概佔到初始頁面登入時間的29 所以dns解析的效能對於訪問乙個 有著至關重要的作用。如果dns效能比較差，或者它的穩定性比較差，可能會對使用者的訪問帶來非常大的影響。既然dns...

基於DNS的全域性負載均衡（GSLB）詳解（上篇）

dns解析現在已經成為網際網路訪問的第一步，訪問網路資源必然要經過dns解析流程。對於乙個比較複雜的 來說，dns解析時間大概佔到初始頁面登入時間的29 所以dns解析的效能對於訪問乙個 有著至關重要的作用。如果dns效能比較差，或者它的穩定性比較差，可能會對使用者的訪問帶來非常大的影響。既然dns...