文獻閱讀與實操預習

目標

執行characterization of akkermansia strains and closely related species

genomic quality assessment

checkm

dddh（the digital dna-dna hybridization） values

ggdc 2.0

phylogenetic analysis

全基因組建樹——cvtree3；比對建樹？——fastme；單拷貝直系同源基因建樹——orthomcl聚類，mega建樹，得到3個圖

population structure

structure 2.3.4

variant calls: snps

有點複雜，參考原文，很詳細

pan-genome analyses

prokka注釋gff3，roary，得到兩個圖：gene accumulation curve（ggplot2）；venn圖

identification of functional categories for core and strain-specific genes

cog注釋

analyses of gene clusters and genomic islands

有點複雜，不過用到了orthomcl，得到乙個圖：synteny maps （r package genoplotr）

conda create -n py27 python=2.7 anaconda checkm-genome

conda activate py27
cd ~/
mkdir checkm
cd checkm
curl -l -o curl -l -o 
tar xzf checkm_data_2015_01_16.tar.gz

checkm data setroot

checkm lineage_wf -x fa --reduced_tree bins out

sudo apt install hmmer

wget 
unzip pplacer-linux-v1.1.alpha17.zip 
cd pplacer-linux-v1.1.alpha17/
cp guppy pplacer rppr /usr/local/bin/
sudo pip install checkm-genome
wget 
tar -zxvf checkm_data_2015_01_16.tar.gz
checkm data setroot
/home/llt/database/checkm

checkm merge -x fasta -t 8  /home/ merge_out

其實可以conda install -c bioconda checkm-genome

文獻閱讀與寫作

一些碎碎念 時間過得太快了，這學期好像什麼都沒有做，上個星期聽了一位大師兄關於文獻寫作的分享，反思自己在科研上太不踏實了。這學期基本上是在迷茫中度過的，科研上也毫無進展，貪玩了兩個周，心思應該收一收了，要沉下心來繼續學習，找突破口才行。天道酬勤 這碗雞湯，本人先乾為敬了。部落格荒廢了好久了，今天又想...

Nginx的安裝與實操

正向 在客戶端配置 伺服器，客戶端將請求傳送到 伺服器，並指定 伺服器將請求傳送給指定的伺服器，可以隱藏客戶端資訊，提公升訪問速度。反向 在伺服器端配置的 伺服器，介面全部客戶端的請求，根據 伺服器內部的策略，將請求 到指定的其他伺服器上，可以隱藏伺服器端的資訊。配置反向 location loca...

文獻閱讀與讀書筆記1

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