找到ordering後能量最低的結構

2021-10-11 20:46:39 字數 832 閱讀 8761

vasp計算完後生成100個結構,即100個資料夾,我們需要對資料夾中的vasprun.xml檔案進行操作,這個檔案幾乎包括了所有的資訊。

首先我們需要找到能量最低的結構:

from pymatgen import structure

from pymatgen.io.vasp.sets import mprelaxset

from pymatgen.io.vasp import vasprun

all_energy =

#python中min()函式的用法是返回列表元素中的最小值,我們先構建乙個空的列表

for i in

range

(100):

v = vasprun(r"d:\\one-hundred structures\\"

+str

(i)+

"_relax\\vasprun.xml"

)#這裡路徑中的用變數寫法在另一篇博文裡面提到過,注意斜槓和反斜槓的區別

#print(v.final_energy)

#這裡得到的v.final_energy是浮點數型別,可放入列表中比較大小

n = all_energy.index(

min(all_energy)

)#遍歷all_energy列表中的所有元素,找到最小的能量和其在列表中對應的位置

print

(n ,

min(all_energy)

)#輸出結果:1-

154.8229777 ev #這個在列表中的位置與檔名一致;如這裡位置是1,就是1_relax這個結構能量最低,結構最穩定

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