gff3是gff注釋檔案的新標準。檔案中每一行為基因組的乙個屬性，分為9列，以tab分開。
依次是：
1. reference sequence：參照序列
指出注釋的物件。如乙個染色體，轉殖或片段。可以有多個參照序列。
該id的取名不能以』>』開頭，不能包含空格。
2. source ：**
注釋的**。如果未知，則用點(.)代替。
3. type ：型別
屬性的型別。建議使用符合so慣例的名稱(sequence ontology，參看[[sequence ontology project]]) ,如gene，repeat_region，exon，cds等。
4. start position ：起點
屬性對應片段的起點。從1開始計數。
5. end position ：終點
屬性對應片段的終點。一般比起點的數值要大。
6. score ：得分
對於一些可以量化的屬性，可以在此設定乙個數值以表示程度的不同。如果為空，用點(.)代替。
7. strand ：鏈
「＋」表示正鏈，「－」表示負鏈，「.」表示不需要指定正負鏈。
8. phase ：步進
對於編碼蛋白質的cds來說，本列指定下乙個密碼子開始的位置。可以是0，1或2，表示到達下乙個密碼子需要跳過的鹼基個數。
對於其它屬性，則用點(.)代替。
9. attributes ：屬性
乙個包含眾多屬性的列表。格式為「標籤＝值」(tag=value)。不同屬性之間以分號相隔。可以存在空格，不過若有「,=;」則用url轉義(url escaping rule)，同時tab也需要轉換為「 」表示。所有以大寫字幕開頭的標籤被保留，用於大眾認可的用途，而以小寫字母開頭的標籤則根據自己安排隨意應用。
下列的標籤已定義：
id指定乙個唯一的標識。對屬性分類是非常好用(例如查詢乙個轉錄單位中所以的外顯子)。
name
指定屬性的名稱。展示給使用者的就是該屬性。。name的值在視覺化的時候得到展示。因此，name可以根據自己展示的需要隨意取值。
alias
名稱的代稱或其它。當存在其它名稱時使用該屬性。
parent
指明feature所從屬的上一級id。用於將exons聚集成transcript，將transripts聚集成gene。
target
指明比對的目標區域，一般用於表明序列的比對結果。格式為」target_id start end [strand]「,其中strand是可選的(「+」或」-」), target_id中如果包含空格，則要轉換成』 ′。
gap比對結果的gap資訊，和target一起，用於表明序列的比對結果。
note
描述性的一些說明。
is_circular
表明featrue是否為環化的。用於環狀基因組序列。
同乙個tag如果有多個值，則多個值之間使用逗號隔開，比如：
parent=af2312,ab2812,abc-3
alias=m19211,gna-12,gamma-globulin
能夠使用多個值的tag有：parent, alias, note, dbxref and ontology_term。
參考：
python提取GFF3檔案資訊
前言 因為最近使用repet這個程式對基因組進行重複序列的注釋，但是最後輸出的結果是gff3格式的檔案，缺少統計資訊。因此用python寫了個指令碼，對gff3的資訊進行提取並統計。gff3檔案 想要從gff3檔案中提取的資訊為重複序列的種類，數量，以及bp數。gff3檔案分為9列，這次用到是第2 ...
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