從功能基因研究的角度來講，相關的搜尋，比如從序列資料庫中，找同源的序列，或者對乙個對乙個新的基因功能進行鑑定，使用hmmer比使用blast有著更高的靈敏度已經更高的搜尋速度，但其應用還遠沒有blast普及。
對於mac os/x, linux, unix系統，用源**編譯安裝：
% wget
% tar zxf hmmer-3.0.tar.gz
% cd hmmer-3.0
% ./configure
% make
% make check
hmmer包含的程式
phmmer： 與blastp類似，使用乙個蛋白質序列搜尋蛋白質序列庫；
> phmmer tutorial/hbb human uniprot sprot.fa
jackhmmer： 與psiblast類似，蛋白質序列迭代搜尋蛋白質序列庫；
> jackhmmer tutorial/hbb human uniprot sprot.fa
hmmbuild： 用多重比對序列構建hmm模型；
hmmsearch： 使用hmm模型搜尋序列庫；
hmmscan： 使用序列搜尋hmm庫；
hmmalign： 使用hmm為線索，構建多重比對序列；
> hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa
hmmconvert： 轉換hmm格式
hmmemit： 從hmm模型中，得到乙個模式序列；
hmmfetch： 通過名字或者接受號從hmm庫中取回乙個hmm模型；
hmmpress：格式化hmm資料庫，以便於hmmscan搜尋使用；
hmmstat： 顯示hmm資料庫的統計資訊；
使用hmm模型搜尋序列資料庫
使用hmmbuild構建hmm模型，輸入為stockholm格式或者fasta格式的多重比對序列檔案(如：tutorial/globins4.sto)，命令如下：
> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
globins4.hmm為輸出的hmm模型
使用hmmsearch搜尋蛋白質序列資料庫，蛋白質序列資料庫為fasta格式，命令如下：
> hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out
globins4.out為輸出的結果檔案，如下：
*示例使用官方教程中的示例
使用蛋白質序列搜尋hmm資料庫
> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
> hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto
> hmmbuild pkinase.hmm tutorial/pkinase.sto
> cat globins4.hmm fn3.hmm pkinase.hmm > minifam
使用hmmpress格式化資料庫，包括壓縮以及建立索引，命令如下：
> hmmpress minifam
這個步驟可以很快的執行完成，輸出的內容如下：
working… done.
pressed and indexed 3 hmms (3 names and 2 accessions).
models pressed into binary file: minifam.h3m
ssi index for binary model file: minifam.h3i
profiles (msv part) pressed into: minifam.h3f
profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p
使用hmmscan搜尋hmm資料庫，命令如下：
> hmmscan minifam tutorial/7less_drome
輸出如下：
後記這裡主要是乙個入門式的教程，介紹了hmmer的安裝，以及最常用功能使用的命令示例。其他程式的使用，以及每個程式的詳細引數說明，請參看官方手冊，
官方文件手冊(pdf)：
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