conda 安裝指定路徑 HiCPro安裝與使用

hic-pro可以用來處理hi-c資料，從原始的fastq檔案(illumina資料)到標準化的互動圖譜。簡單的來說就是將hi-c資料比對到拼裝好的參考基因組上，並形成互動檔案去儲存hi-c資料。下面我們就來介紹一下hic-pro的安裝與使用。

python版本為2.7

conda create -n hicpro python=2.7  #強烈推薦安裝乙個新的環境conda install -y samtools bowtie2 rconda install -y pysam bx-python numpy scipy

也可以絕對路徑執行r

rinstall.packages(c('ggplot2','rcolorbrewer'))

r_path指定conda環境下的r

python_path指定conda環境下的python

cluster_syscluster_sys集群排程系統為torque,sge,slurm,lsf四個中的一種

這些路徑可以which+對應的依賴(如: which bowtie2)獲得

配置檔案修改完成之後執行下列指令即可完成安裝

make configuremake install

建議建立兩個資料夾命名為sample.reads和sample.ref(sample為自己的物種名字即可，下面以亞洲棉ga為例)

1.2ga.reads的的目錄結構

目錄結構如下(依據自己的研究修改物種名即可，ga_1、ga_2...為不同的生物學重複)

1.3ga.ref的相關檔案

建立索引 (索引的命名為物種名)

/path/to/bowtie2-build --threads 20 /ga.ref/ga.fasta /ga.ref/ga

採用hic-pro自帶的digest_genome.py程式酶切位點資訊檔案

/path/to/hic-pro_2.11.1/bin/utils/digest_genome.py -r hindiii -o ga.hindiii.txt /ga.ref/ga.fasta#-r指定酶的名稱或者序列(如下圖)#-o指定酶切資訊檔案的輸出目錄#最後的fasta檔案是組裝的參考基因組

1.5基因組中序列大小檔案

序列大小檔案格式如下 contig1[tab]contig1_length

可以用如下指令獲得

samtools faidx /ga.ref/ga.fasta && awk '' /path/to/ga.fasta.fai > ga.fasta.size #注意生成的.fai在.fasta檔案所在的目錄下面

首先將配置檔案複製乙份到當前目錄下

cp /path/to/hic-pro_2.11.1/config-hicpro.txt .

# n_cpu，例如n_cpu = 24# job_name，例如job_name = ga# job_walltime，例如job_walltime = 11:00:00# job_queue，例如job_queue = normal# job_mail，例如job_mail = [email protected]# bowtie2_idx_path填寫用bowtie2對reference建立索引的目錄，注意是目錄，而不是索引路徑!如/path/to/ga.ref# reference_genome，例如ga 注意：這裡reference_genome一定要和bowtie2建立的索引對應上,名字為物種名# genome_size，即生成的檔案ga.fasta.size(最好使用絕對路徑)# genome_fragment，用digest_genome.py程式生成的檔案ga.hindiii.txt# ligation_site，酶的序列，例如hindiii，則為aagctagctt；如果是mboi則序列為gatcgatc。# min_frag_size，例如min_frag_size = 100# max_frag_size，例如max_frag_size = 160000# min_insert_size，例如min_insert_size = 200# max_insert_size，例如max_insert_size = 600# get_process_sam，例如get_process_sam = 1

/path/to/hic-pro_2.11.1/bin/hic-pro --input ga.reads --output hicpro_output --conf config-hicpro.txt # --input reads所在的檔案# --output 輸出的資料夾# --conf 配置檔案

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