28和lba48命令格式區別 NGS資料格式大全

2021-10-16 02:17:45 字數 662 閱讀 7934

ngs資料複雜度較高,所用格式種類繁多。因為ngs資料量大,為了高效儲存,不少資料格式還採用了it領域的位編碼和資料壓縮演算法,甚至配備了專門的命令列工具或api(如samtools,bcftools等)。

以下這兩個**(或者相關鏈結)對當前主流的ngs資料格式做了非常詳細的說明,作為生物資訊入門必須要對這些主流格式有個大概的認識,建議大家仔細讀一讀(fastq/fasta/sam/bam/gff/gtf/bed/vcf這些是必須掌握的格式),如果有這些格式的資料,最好還是花點時間在linux命令列下用less -s 命令去詳細看下這些資料長什麼樣子,有何規律。

需要搞清楚的是0-based 和 1-based coordinates system的區別,以下的**有詳細介紹

記得潭灝文也曾對這兩種座標的區別給過乙個比較漂亮的圖,在此借用一下

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