到這裡，我們已經利用yum完成了基礎配置，利用cpanm安裝了perl模組，利用pip安裝了python模組，並且安裝了很多r的擴充套件包，可以說，已經完成了生物資訊分析平台基礎設施的建設，地基已經搭建完了，接下來就開始搭建框架了，也就是工作目錄的設定。配置工作目錄
以前看到有段子說，桌面越亂的人越聰明，越富有創造性，很多人信以為真。其實，這句說對愛因斯坦，賈伯斯，扎克伯格來說是對的，對你來說，桌面越亂說明你頭腦越亂。我們必須設定清晰的目錄結構才能提高工作，效率，不至於找檔案手忙腳亂。
乙個完成的生物資料分析平台裡面主要的資料報括，生物軟體，生物資料庫，使用者組，分析資料，專案，這些必須嚴格區分，例如軟體和資料庫是公用的，分析資料放到固定目錄，便於查詢和歸檔，每個使用者單獨隔離。還需要將資料盤與系統盤進行區分。
建立資料目錄
#根目錄下建立乙個ifs1目錄
mkdir /ifs1
cd /ifs1
#在ifs1下在建立其它幾個目錄
mkdir software database user project
軟體目錄是生物資訊分析平台中非常重要的乙個目錄，最好不要將軟體直接安裝到/usr這樣系統目錄下，不方便管理，也不要在軟體目錄下直接執行程式。軟體目錄可以分為三部分，原始軟體包src目錄，軟體安裝目錄biosoft，可執行程式快捷方式目錄。我們在software裡面直接建立這三個目錄。
mkdir -p /ifs1/software/src /ifs1/software/biosoft /ifs1/software/bin
$ tree -l 2 ifs1/
ifs1/ #資料盤
|-- database #生物資料庫
|-- project #測序資料
|-- software #生物軟體
| |-- bin #可執行程式
| |-- biosoft #安裝軟體
| `-- src #原始資料
`-- user #使用者目錄
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linux目錄設定
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linux path目錄設定
linux和windows一樣需要方便使用某個命令時需要設定path路徑 如果沒有設定path無法直接使用具體的命令，如test.sh,如果要執行這條命令需要.test.sh或者sh test.sh 設定path分為永久的和臨時的 永久設定在 ect profile 在檔案最後增加exprot pa...