lammps教程 group命令詳解

在lammps模擬過程中，group基本上是每次都會用到的乙個命令。從命令關鍵字上也能猜出來，group就是對原子進行分組的意思。

被group後的原子會被分配乙個group-id，這個group-id被用到fix、compute、dump等命令中。

例如fix命令中的第二個引數就是group-id：

fix id group-id style_name keyword value ... fix 1 water npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.01000.0

即使不對原子進行分組，lammps也會設定乙個預設的原子組：all，也就是把所有的原子全部劃分到all組內。

例如對系統所有原子進行溫度初始化，可以使用下面的語句，其中all就是預設的group-id：

velocity all create 300.0 4928459

常用的分組方式有以下幾種：

例如在奈米銅的拉伸時，需要一端固定，另一端施加一定的速度進行拉伸，這就需要把cu原子劃分為三個組：

left：固定組

right：速度載入組

mobile：中間組

group命令配合union關鍵字可實現兩個組的合併，例如left和right組合並為boundary組，可以寫為：

group     boundary union left right

配合substract關鍵字可實現減法操作，所有原子減去boundary原子即為中間moible原子，可以寫為：

group     mobile subtract all boundary

cu拉伸建模全部**如下：

#模型基本設定 units metal dimension 3 boundary p s p neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 0 timestep 0.001 #設定晶格引數，生成box lattice fcc 3.61 region box block 0200 505create_box 3 box create_atoms 1 box #設定cu原子質量 mass 1 64mass 2 64mass 3 64#設定left和right區域，以此region設定group region left block inf 2 inf inf inf inf group left region left set group left type 2 region right block 18 inf inf inf inf inf group right region right set group right type 3 #group組加減操作 group boundary union left right group mobile subtract all boundary #儲存模型資料 write_data cu.data

#將原子型別為3和4的原子全部歸入到water組

group water type 3

4

#原子id為10、25、50的三個原子歸入到sub組 group sub id 10 2550 #原子id從500到1000的全部原子歸入到sub組 group sub id 500 :1000 #原子id為100、110、120. ..10000的原子歸入到sub組 group sub id 100 :10000:10 #原子id小於或等於150的原子歸入到sub組 group sub id <=

150

需要注意的是，lammps最多支援32個group（包含all組），如果定義的組過多，可將不再使用的組刪除：

group boundary delete

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