之前寫過一篇關於利用discover studio進行dna建模的步驟，很方便快捷，但是用它來提交到haddock進行分子對接時，由於格式不相容，提交檔案總是報錯。所以改用amber進行dna建模。
amber中有乙個專門用來進行dna建模的工具：nab，它屬於ambertools package的一部分，絕對路徑一般在~/amber16/ambertools/bin/nab
建立乙個dna雙螺旋結構分為兩步：
1、新建乙個空白文件命名為 nuc.nad，並寫入以下內容：
molecule m;
m = fd_helix(「abdna」,「ttcgt」,「dna」);
putpdb(「nuc.pdb」,m,"-wwpdb");
其中第二行的第二個引號內容為你想建立的dna序列，其餘地方可以不用修改。
2、執行nab程式：
$~/amber16/ambertools/bin/nab nuc.nab
$./a.out
其中a.out是上一步的其中乙個輸出檔案。執行完便可以生成nuc.pdb檔案了，這個pdb和amber、haddock相容，不用修改任何atom names。
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