SRAToolkit 安裝與使用

2021-10-22 07:22:54 字數 512 閱讀 1102

2.解壓並配置環境

mkdir ~/sratoolkit    #先建立乙個放工具的資料夾

cd ~/sratoolkit

wget

解壓縮

tar xzvf sratoolkit.2.10.9-ubuntu64.tar.gz
配置環境

echo 'export path=$path:$home/sratoolkit/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin ' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

vdb-config --interactive #會出現乙個框架,按字母x鍵退出,然後就可以使用啦

fastq-dump --split-e ./srr1553610/srr1553610.sra #將.sra檔案轉換成.fastq檔案

經測,速度很快

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