prodigal用於**原核生物cds，平常會用來**核苷酸序列的cds並且翻譯成氨基酸序列，但是需要一條一條的執行，量大的話很麻煩，需要一直修改命令。
該軟體使用時的命令格式為
prodigal -i /your/inputpath/1234_genomic.fasta -g 11 -a /your/outputpath/1234_prodigal_protein.faa
-i為輸入的核苷酸序列檔案，-g為密碼子表（預設為11），-a為輸出的氨基酸序列檔案。這裡我的習慣是序列檔名1234保持不變，用genomic代表基因組核苷酸序列，用prodigal_protein代表是使用prodigal**翻譯的氨基酸序列。批量執行的時候就需要不斷的修改「1234」的內容。
.
/prodigal.py -i input_folder #只輸出資料夾名稱作為使用者引數
#!/usr/bin/python
#20200829 by fujch mail [email protected]
#this code is for processing prodigal with multiple species
import os
import getopt
import sys
opts,args = getopt.getopt(sys.ar**[1:
],'-i:',[
'inputpath='])
for opt_name,opt_value in opts:
if opt_name in
('-i'
,'--inputpath'):
path1 =
'/home/prodigal/input/'
+opt_value
path2 =
'/home/prodigal/output/'
+opt_value
ifnot os.path.exists(path2)
: os.makedirs(path2)
#自動建立輸出資料夾
files = os.listdir(path1)
forfile
in files:
ifile = os.path.splitext(
file)[
0]#提取檔名且不帶字尾名
ifile_str =
str(ifile)
ofile_str = ifile_str[0:
-8]+
"_prodigal_protein.faa"
os.system(
"prodigal -i %s/%s -g 11 -a %s/%s"
%(path1,
file
,path2,ofile_str)
)
可以根據自己的需求修改**適用不同的軟體。
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