在分子鐘模型下使用貝葉斯法需要的設定

2021-10-25 06:20:07 字數 428 閱讀 1909

序列資料

進化模型

1、鹼基(蛋白質)替換模型:

(1)鹼基間替換速率:受類群世代長度、dna修復機制不同等影響

(2)鹼基頻率

(3)不同位點間替換速率的分布

(4)不變位點的比例

2、樹模型:

(1)樹的拓撲:

匯入物種樹檔案或**於整合性貝葉斯軟體。

整合性貝葉斯軟體:溯祖理論;物種形成理論(生滅模型和yule模型)

(2)枝長:

分支時長:由樹先驗和校準資訊(節點標記和端點標記(全證據法和化石生滅程序法))共同決定

分支進化速率

模型先驗

最後進行mcmc的抽樣和統計分析,得出時間樹和各類引數的後驗分布及可信區間。

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