分享乙個團簇融化的lammps模擬案例，由carsten svaneborg博士編寫。
模擬單位為lj，2d模擬體系，週期性邊界條件，力場為最常見的lj力場。
模擬思路：
（1）設定乙個4040的模擬盒子，在盒子**設定乙個2020的區域，在中間區域內隨機填充原子。
（2）能量最小化消除隨機原子的重疊。
（3）設定lj力場
（4）設定nve系綜，使用langevin控溫方式進行控溫。這一步也可以直接用nvt系綜代替。
（5）執行並輸出軌跡檔案。
案例比較簡單，需要注意的是：採用隨機方法生成原子，原子之間容易重疊，一定要在正式模擬之前消除原子重疊，否則原子距離過近導致排斥力過大，容易產生「lost atoms」錯誤。
消除重疊可使用「delete_atoms verlap」和「minimize」命令。
案例**已注釋，僅供參考。
#原子數量
variable npart equal 500
#lj單位溫度
variable tempstart equal 0.5
variable tempstop equal 0.5
#模型基本設定
units lj
dimension 2
atom_style atomic
boundary p p p
neighbor 0.5 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
#模擬盒子設定
region box block -
2020-20
20-0.10.1
create_box 1 box
#2維計算設定
fix 2d all enforce2d
#在box**設定box2
region box2 block -
1010-10
10-0.10.1
#在box2中隨機生成原子
create_atoms 1 random $
324523 box2
#摩爾質量
mass *
1#lj力場設定
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff *
*1.0
1.0#能量最小化
minimize 1e-4
1e-4
1000
1000
reset_timestep 0
#儲存原子軌跡
dump img all atom 1000 dump.xyz
#nve系綜，langevin控溫
fix integrator all nve
fix dynamics all langevin $ $
1.02352325
#設定螢幕輸出熱力學資訊
thermo_style custom step temp ke pe
thermo 100
#模擬步長設定
timestep 0.01
#執行20000步
run 20000
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