DNA序列編碼中Hairpin的定義和計算

2022-03-19 07:45:33 字數 1797 閱讀 5806

參考文獻

[1] 張凱. dna計算核酸編碼優化及演算法設計[d]. 2008.

[2] shin, soo yong , et al. "multiobjective evolutionary optimization of dna sequences for reliable dna computing." ieee transactions on evolutionary computation 9.2(2005):143-158.

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[5] 饒澤書. 基於多目標粒子群的dna編碼演算法研究[d]. 2018.

單鏈 dna 分子產生二級結構通常由自身反向摺疊而形成,發卡結構為典型的自身摺疊結構.許多以特異性雜交反應為基礎的 dna 計算模型,都要求避免單鏈 dna 形成二級

結構,這樣單鏈 dna 分子才能和自身的補鏈充分有效的發生特異性雜交[1]。

可以看出[ * ]中hairpin的計算公式較為正確

noj index

expression x

expression y*-

\(x _ \)

\(x _ \)

-j=1

\(x_\)

\(x_\)

-j=s

\(x _ \)

\(x _ \)2-

\(x_\)

\(x_\)

-j=1

\(x_\)

\(x_\)

-j=s

\(x_\)

\(x_\)3-

\(x _ \)

\(x _ \)

-j=1

\(x_\)

\(x_\)

-j=s

\(x _ \)

\(x _ \)5-

\(x _ \)

\(x _ \)

-j=1

\(x_\)

\(x_\)

-j=s

\(x _ \)

\(x _ \)

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