目錄植物基因組大小跨越幾個數量級，倍性和雜合性變化，以及新舊基因組轉座子變化等帶來組裝挑戰。三代和物理圖譜提供了新機會，單倍型定相、結構變異分析、從頭泛基因組研究成為新興組裝熱點。
植物基因組發展：
在過去20年種，有400多個植物基因組已發表，包括333個被子植物，15個非被子植物、2個輪藻和44個綠藻。
可查閱：
pacbio通過ccs產生hifi 15 kb reads的方法準確率高達99.8％，解決了錯誤率問題，但每條read成本高了近5倍。
基因組測序的發展，在基因組完整度上已經有了很大提公升。
新演算法的設計目的：correct, overlap, and polish long reads with high error-rates。
演算法隨計算設計、速度、記憶體使用、複雜基因組利用而變化。
組裝的草圖有誤差，必須用高覆蓋度的長讀長或短讀長polish，一般大於三次可達到》99.6%的準確性。
pacbio ccs hifi軟體：peregrine
如下圖，兩條染色體組裝時定相，雜合基因組phasing有如下方法：
組裝經典指標是n50，或者最短序列長度大於組裝的50%，方法過於簡單。
利用組裝圖可以視覺化複雜度和鄰接contig的overlap。
當參考基因組被泛基因組取代時，基因**論將是代表複雜基因組更好的方法。
挑戰：
展望：
參考文獻：todd pmichael. building near-complete plant genomes. curr opin plant biol. 2020 apr;54:26-33.
LAI 評估基因組質量乙個標準
基因組組裝完成之後，就需要對最後的質量進行評估。我們希望得到的contig檔案中，每個contig都能足夠的長，能夠有乙個完整的基因結構，歸納一下就是3c原則 但是這三條原則其實是相互矛盾的，連續性越高，就意味著要處理更多的模糊節點，會導致整體錯誤率上公升，為了保證完全的正確，那麼就會導致conti...
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乙個完整的健身方案
乙個完全的健身方案應當包含吃 飲食 練 訓練 睡 睡眠 三個方面，而練則由心肺，力量，柔韌三個主要部分組成。有鑑於此，本人給出的訓練計畫是 開始時用5 10分鐘有氧熱身，最後用5 10分鐘拉伸放鬆，中間是40 50分鐘的力量訓練。力量訓練主要有 1 背部 引體向上 頸前下拉 2 胸部 平板臥推 坐姿...