WEGO GO注釋視覺化

2022-06-17 10:00:45 字數 1369 閱讀 6660

bgi開發的一款web工具,用於視覺化go注釋結果。自己平時不用,但要介紹給別人,簡單記錄下要點,避免每次授課前自己忘了又要摸索。

匯入檔案到灰色框中,可同時匯入多個檔案進行比較(點一次彈出一次)。支援多種檔案格式匯入,如果是自己匯入,可另存為txt匯入,通常我們做go注釋後,會有這樣乙個基因和go對應關係的檔案:

如果是要做個樣本比較的話,每個樣本乙個檔案匯入,這樣才好比較。

也可用launch wego demo直接用demo資料,預設gaf format,這是interproscan注釋的結果檔案,開啟的話也是同上乙個基因對應多個go編號的格式。

wego目前支援常見9種物種的視覺化。一般匯入檔案後,系統會自動根據go編號識別,無需選擇物種。如果選擇物種,系統會將物種全部go注釋結果作為乙個樣本可匯入的樣本比較。

提交後,得到如下結果。如果基因數目多,可能會花費一段時間。

最上方是注釋的結果,包括每個樣本全部注釋的情況和三個本體注釋結果。

go tree是以樹的形式展示結果,go term是分層級的,三個本體是level 1,依次下去level 2——level 6。show go level是說要展示到第幾層級結果,如下圖,展示到level 4,注意要點選display按鈕。

後乙個按鈕select go level是說我們要選擇第幾層結果,比如我選擇2,點選select按鈕後,就只選擇了所有level 2結果:

三個本體都是這樣的:

graph就是視覺化結果。這個結果是基於以上選擇的level做出來的。

大小、主題、顏色、標籤、匯出格式等都可自己選擇。

而且,還有乙個富集分析的柱形圖結果,閾值什麼的都可以自己調整。

很簡單有木有?其實官網的文件也介紹得很詳細了,不懂去看看。可是我英語很爛,頭疼。。。

資料視覺化 什麼是資料視覺化

資料對應的英文單詞是data,從資訊獲取的角度看,資料是對目標觀察和記錄的結果,是現實世界中的時間 地點 事件 其他物件或概念的描述。不同學者對資料的作用也給出不同的定義,大致分為以下3類 視覺化對應的兩個英文單詞 visualize和visualization。visualize是動詞,描述 生成...

視覺化建模

中科永聯高階技術培訓中心 www.itisedu.com 視覺化建模 visual modeling 是利用圍繞現實想法組織模型的一種思考問題的方法。模型對於了解問題 與專案相關的每個人 客戶 行業專家 分析師 設計者等 溝通 模仿企業流程 準備文件 設計程式和資料庫來說都是有用的。建模促進了對需求...

卷積視覺化

影象卷積操作的應用沒有嚴格的數學推導,即沒有數學推導表明每一層究竟表示什麼。為了了解卷積神經網路中每一層與原有影象的對應關係,文章visualizing and understanding convolutional networks通過反向卷積的方式實現了該過程。那具體如何操作的呢?得到的h1與真...