對於GOSemSim的用法

對於gosemsim，用法：

安裝：

>if(

!requirenamespace(
"biocmanager", quietly = true))
+ biocmanager::install(
)> library(gosemsim)

if

(!requirenamespace(
"biocmanager", quietly = true))
install.packages(
"biocmanager"
)biocmanager::install(
"org.sc.sgd.db"
)

d

'org.sc.sgd.db',ont=
"mf",computeic=false)

一旦我們有了data，我們就可以通過godata函式來構建gosemsim所需的註釋資料。

4：比較兩個基因簇

> cluster1

"835","5261","241","994"
)> cluster2
"307","308","317","321","506","540","378","388","396"
)> clustersim(cluster1,cluster2,semdata=d,measure=
"wang"
)

gosim函式計算兩個go terms之間的語義相似度，mgosim函式計算兩組go terms之間的語義相似度。

給定兩個基因，該函式計算它們之間的語義相似度，並返回它們之間的語義相似度和相應的go語義相似度

genesim(

"241
", "251", semdata=d, measure=
"wang"
)

6：如果想獲取蛋白質的goid 那麼就要用到使用gold_yeast資料

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