對於GOSemSim的用法

2022-06-23 19:09:14 字數 1153 閱讀 4733

對於gosemsim,用法:

安裝:

>if(

!requirenamespace(

"biocmanager", quietly = true))

+ biocmanager::install(

)> library(gosemsim)

if

(!requirenamespace(

"biocmanager", quietly = true))

install.packages(

"biocmanager"

)biocmanager::install(

"org.sc.sgd.db"

)

3:使用資料庫

d

'org.sc.sgd.db',ont=

"mf",computeic=false)

就是ok了

一旦我們有了data,我們就可以通過godata函式來構建gosemsim所需的註釋資料。

4:比較兩個基因簇

> cluster1

"835","5261","241","994"

)> cluster2

"307","308","317","321","506","540","378","388","396"

)> clustersim(cluster1,cluster2,semdata=d,measure=

"wang"

)

5:比較兩個

gosim函式計算兩個go terms之間的語義相似度,mgosim函式計算兩組go terms之間的語義相似度。

給定兩個基因,該函式計算它們之間的語義相似度,並返回它們之間的語義相似度和相應的go語義相似度

genesim(

"241

", "251", semdata=d, measure=

"wang"

)

6:如果想獲取蛋白質的goid 那麼就要用到使用gold_yeast資料

ztree的用法

哎喲,好久沒寫什麼這個雖然沒人看的部落格了,其實這段時間情緒非常低谷,就沒有寫部落格了,不過我還是回來了,回到正題,在前端頁面程式設計的時候...

SQL的用法

select from teacher 選擇teacher表所有的列 select name age from teacher 只選擇出了整...

session的用法

httpsession session request getsession session setattribute list list...