Docker方式安裝QIIME 2

docker pull qiime2/core:2017.7

# 測試是否安裝成功

docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 qiime

# 啟動docker命令列，掛載目錄至/mnt/hgfs/2017目錄，退出自動移除

docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7

這就相當於開啟了乙個軟體工作環境，目錄/mnt/hgfs/2017為當前工作目錄，可方便分析資料

刪除映象

先刪除由這個映象啟動的容器

docker rm eef3648a6e77

eef3648a6e77是容器id

刪除映象

docker rmi 195eb90b5349

195eb90b5349是映象id

啟動qiime 2執行環境

我們每次在分析資料前，需要開啟工作環境

# 建立工作目錄並進入

mkdir -p qiime2

cd qiime2

# 如果是docker安裝方式的請執行如下命令

docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7

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