linux系統下命令的學習

本部落格是本人工作時做的筆記

ps aux |grep ^profile |grep a190200024

^ 表示行首匹配

linux檢視檔案大小：

具體可檢視：

du /mnt/hegh/project/ --max-depth=1 -h

scp gcf_*fna.gz  dev.ttjbz.com:/mnt/hegh/project/8.26/test/prokka/fa_fies

linux提交任務樣本

：echo "

sh create_taxonomy_db.sh -d ../database/ncbi_taxonomy/
" >qsub_tax_db.sh
qsub -cwd -l vf=500m,p=1 qsub_tax_db.sh 
qsub -cwd -l vf=60g,p=1 -v -s /bin/bash   filter_map.sh 可以使用qsub -help檢視引數， -v -s 帶入環境

linux將命令新增到path中

1、直接在命令列中設定path

#path=$path:/usr/local/apache/bin
使用這種方法,只對當前會話有效，也就是說每當登出或登出系統以後，path設定就會失效。
2、在profile中設定path
#vi /etc/profile
找到export行，在下面新增加一行，內容為：export path=$path:/usr/local/apache/bin。
注：＝ 等號兩邊不能有任何空格。這種方法最好,除非手動強制修改path的值,否則將不會被改變。
編輯/etc/profile後path的修改不會立馬生效，如果需要立即生效的話，可以執行#
source profile命令。
3、在當前使用者的profile中設定path
#vi ~/.bash_profile
修改path行,把/usr/local/apache/bin新增進去,如：path=$path:$home/bin:/usr/local/apache/bin。
#source ~/.bash_profile

需要給與檔案執行：

chmod 755 fqextract.c

檢視以前用的指令

history |less -s

顯示檔案結尾：

tail -f refdb.*

ll -rt

一般用make就可解決

ln -s bin/gt（需要轉鏈結的路徑） ./**到的路徑）

讀檔案的大小：

du -h --max-depth=1 ./

檢視檔案的中某個字串額個數：

grep "

>
" viruses-5-2019.fa -c

檢視壓縮檔案的中某個字串額個數：

zgrep "

>
" viruses-5-2019.fa.gz |wc -l

less viruses-5-2019.fa.gz |grep "

>
" -c

linux uniq 命令用於檢查及刪除文字檔案中重複出現的行列，一般與 sort 命令結合使用。

uniq 可檢查文字檔案中重複出現的行列。

uniq [-cdu][-f《字段》][-s《字元位置》][-w《字元位置》][--help][--version][輸入檔案][輸出檔案]

name

gzip, gunzip, zcat -compress or expand files
synopsis
gzip [ -acdfhkllnnrtvv19 ] [--rsyncable] [-s suffix] [ name ... ]
gunzip [ -acfhkllnnrtvv ] [-s suffix] [ name ... ]
zcat [ -fhlv ] [ name ... ]
options
-c --stdout --to-stdout 結果寫到標準輸出，原檔案保持不變
-d --decompress --uncompress 解壓
-k --keep 壓縮或者解壓過程中，保留原檔案
-r --recursive
-t --test 檢查壓縮檔案的完整性
-v --verbose 顯示每個檔案的名子和壓縮率
-# --fast --best 取值從-1(最快)到-9(最好)，預設是-6
示例1，壓縮檔案
原檔名為file1.txt，壓縮後原檔案消失，壓縮後檔名為file1.txt.gz
root@ubuntu:/tmp# ls -l file1.*
-rw-r--r-- 1 root root 12383865 aug 21
08:08
file1.txt
root@ubuntu:/tmp# gzip file1.txt
root@ubuntu:/tmp# ls -l file1.*
-rw-r--r-- 1 root root 134416 aug 21
08:08
file1.txt.gz
示例2，解壓檔案
root@ubuntu:/tmp# gzip -d file1.txt.gz
root@ubuntu:/tmp# ls -lh file1.*
-rw-r--r-- 1 root root 12m aug 21
08:08
file1.txt
示例3，壓縮的時候，顯示壓縮率
root@ubuntu:/tmp# gzip -v file1.txt
file1.txt: 
98.9% --replaced with file1.txt.gz
示例4，一條命令壓縮多個檔案，壓縮之後，是各自分開的：
root@ubuntu:/tmp# gzip file1.txt file2.txt
root@ubuntu:/tmp# ls -l
total 
1348
-rw-r--r-- 1 root root 134416 aug 21
08:08
file1.txt.gz
-rw-r--r-- 1 root root 392 aug 21
08:15
file2.txt.gz
示例5，壓縮過程中，保留原檔案
root@ubuntu:/tmp# gzip -k file1.txt
root@ubuntu:/tmp# ls file1.*file1.txt file1.txt.gz
示例6，壓縮到標準輸出中
可以連線兩個檔案
root@ubuntu:/tmp# cat file1.txt file2.txt | gzip >foo.gz
或者root@ubuntu:/tmp# gzip -c file1.txt file2.txt > foo.gz

filename.zip的解壓:

unzip filename.zip

filename.tar.gz的解壓:

tar -zxvf filename.tar.gz

其中zxvf含義分別如下

z: 　　gzip  　　　　　　　　    壓縮格式

x: 　　extract　　　　　　　　  解壓

v:verbose　　　　　　　　詳細資訊

f:file(file=archieve)　　　　檔案

filename.tar.bz2的解壓:

tar -jxvf filename.tar.bz2

j: 　　bzip2　　　　　　　　　 壓縮格式

其它選項和tar.gz解壓含義相同

filename.tar.xz的解壓: 

tar -jxvf filename.tar.xz

注意j大寫

filename.tar.z的解壓: 

tar -zxvf filename.tar.z

注意z大寫

關於tar的詳細命令可以

tar --help

事實上, 從1.15版本開始tar就可以自動識別壓縮的格式,故不需人為區分壓縮格式就能正確解壓

tar -xvf filename.tar.gz

tar -xvf filename.tar.bz2
tar -xvf filename.tar.xz
tar -xvf filename.tar.z

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