linux系統下命令的學習

2022-08-05 17:45:17 字數 4698 閱讀 7646

本部落格是本人工作時做的筆記

ps aux |grep ^profile |grep a190200024

^ 表示行首匹配

linux檢視檔案大小:

具體可檢視:
du /mnt/hegh/project/ --max-depth=1 -h

從一臺電腦上覆制檔案到另一臺電腦上:

scp gcf_*fna.gz  dev.ttjbz.com:/mnt/hegh/project/8.26/test/prokka/fa_fies

linux提交任務樣本

:echo "

sh create_taxonomy_db.sh -d ../database/ncbi_taxonomy/

" >qsub_tax_db.sh

qsub -cwd -l vf=500m,p=1 qsub_tax_db.sh

qsub -cwd -l vf=60g,p=1 -v -s /bin/bash   filter_map.sh 可以使用qsub -help檢視引數, -v -s 帶入環境

linux將命令新增到path中

1、直接在命令列中設定path

#path=$path:/usr/local/apache/bin

使用這種方法,只對當前會話有效,也就是說每當登出或登出系統以後,path設定就會失效。

2、在profile中設定path

#vi /etc/profile

找到export行,在下面新增加一行,內容為:export path=$path:/usr/local/apache/bin。

注:= 等號兩邊不能有任何空格。這種方法最好,除非手動強制修改path的值,否則將不會被改變。

編輯/etc/profile後path的修改不會立馬生效,如果需要立即生效的話,可以執行#

source profile命令。

3、在當前使用者的profile中設定path

#vi ~/.bash_profile

修改path行,把/usr/local/apache/bin新增進去,如:path=$path:$home/bin:/usr/local/apache/bin。

#source ~/.bash_profile

需要給與檔案執行:

chmod 755 fqextract.c

檢視以前用的指令

history |less -s

顯示檔案結尾:

tail -f refdb.*

ll -rt

一般用make就可解決

ln -s bin/gt(需要轉連結的路徑) ./**到的路徑)

讀檔案的大小:

du -h --max-depth=1 ./

檢視檔案的中某個字串額個數:

grep "

>

" viruses-5-2019.fa -c

檢視壓縮檔案的中某個字串額個數:

zgrep "

>

" viruses-5-2019.fa.gz |wc -l

less viruses-5-2019.fa.gz |grep "

>

" -c

linux uniq 命令用於檢查及刪除文字檔案中重複出現的行列,一般與 sort 命令結合使用。

uniq 可檢查文字檔案中重複出現的行列。

uniq [-cdu][-f《欄位》][-s《字元位置》][-w《字元位置》][--help][--version][輸入檔案][輸出檔案]

引數

name

gzip, gunzip, zcat -compress or expand files

synopsis

gzip [ -acdfhkllnnrtvv19 ] [--rsyncable] [-s suffix] [ name ... ]

gunzip [ -acfhkllnnrtvv ] [-s suffix] [ name ... ]

zcat [ -fhlv ] [ name ... ]

options

-c --stdout --to-stdout 結果寫到標準輸出,原檔案保持不變

-d --decompress --uncompress 解壓

-k --keep 壓縮或者解壓過程中,保留原檔案

-r --recursive

-t --test 檢查壓縮檔案的完整性

-v --verbose 顯示每個檔案的名子和壓縮率

-# --fast --best 取值從-1(最快)到-9(最好),預設是-6

示例1,壓縮檔案

原檔名為file1.txt,壓縮後原檔案消失,壓縮後檔名為file1.txt.gz

[email protected]:/tmp# ls -l file1.*

-rw-r--r-- 1 root root 12383865 aug 21

08:08

file1.txt

[email protected]:/tmp# gzip file1.txt

[email protected]:/tmp# ls -l file1.*

-rw-r--r-- 1 root root 134416 aug 21

08:08

file1.txt.gz

示例2,解壓檔案

[email protected]:/tmp# gzip -d file1.txt.gz

[email protected]:/tmp# ls -lh file1.*

-rw-r--r-- 1 root root 12m aug 21

08:08

file1.txt

示例3,壓縮的時候,顯示壓縮率

[email protected]:/tmp# gzip -v file1.txt

file1.txt:

98.9% --replaced with file1.txt.gz

示例4,一條命令壓縮多個檔案,壓縮之後,是各自分開的:

[email protected]:/tmp# gzip file1.txt file2.txt

[email protected]:/tmp# ls -l

total

1348

-rw-r--r-- 1 root root 134416 aug 21

08:08

file1.txt.gz

-rw-r--r-- 1 root root 392 aug 21

08:15

file2.txt.gz

示例5,壓縮過程中,保留原檔案

[email protected]:/tmp# gzip -k file1.txt

[email protected]:/tmp# ls file1.*file1.txt file1.txt.gz

示例6,壓縮到標準輸出中

可以連線兩個檔案

[email protected]:/tmp# cat file1.txt file2.txt | gzip >foo.gz

或者[email protected]:/tmp# gzip -c file1.txt file2.txt > foo.gz

filename.zip的解壓:

unzip filename.zip

filename.tar.gz的解壓:

tar -zxvf filename.tar.gz

其中zxvf含義分別如下

z:   gzip              壓縮格式

x:   extract          解壓

v:verbose        詳細資訊

f:file(file=archieve)    檔案

filename.tar.bz2的解壓:

tar -jxvf filename.tar.bz2

j:   bzip2          壓縮格式

其它選項和tar.gz解壓含義相同

filename.tar.xz的解壓: 

tar -jxvf filename.tar.xz

注意j大寫

filename.tar.z的解壓: 

tar -zxvf filename.tar.z

注意z大寫

關於tar的詳細命令可以

tar --help

事實上, 從1.15版本開始tar就可以自動識別壓縮的格式,故不需人為區分壓縮格式就能正確解壓

tar -xvf filename.tar.gz

tar -xvf filename.tar.bz2

tar -xvf filename.tar.xz

tar -xvf filename.tar.z

linux下的grep命令

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