1.建水盒子：vmd-extensions-modeling-add solvation box
2.填寫水盒子引數：如下
3. 加入離子：完成第二步建成水盒子後，會自動生成solvate.pdb 和solvate.psf檔案，有三種加離子方式，後文有對應詳解。 vmd main操作：extensions-modeling-add ions
生成乙個ionized.psf的檔案，會發現比原來的水盒子少了原子，因為加進去乙個離子取代乙個水分子，就少兩個原子。
顯示離子可以選擇殘基檢視：graphics-representations-selections-keyword-rename
可顯示數量：如統計鉀離子的數量
tk控制台輸入方法：
（1）autoionize -psf solvate
.psf -pdb solvate
.pdb -sc 3.15 -cation pot #加入鹽濃neutralize the system and add an additional 3.15mol/l kcl
（2）autoionize -psf solvate
.psf -pdb solvate
.pdb -nions } #加入ca+20個 cl-30個 k+10個
溶液模擬器
寫 ing o o哈哈 這題很燒腦 啊啊啊啊 解題步驟已在 的注釋裡面 輸入 如下 1行原始溶液 濃度 3行往原始溶液中加入了 x溶劑 濃度的溶液 z 表示撤銷為上一步 輸出 如下 1.原v 現在的v 原v 濃度 濃度 現在的體積 原來的體積 include include include usin...
VMD建模得到模型
2.vesta中擴成 nxnxn 匯出pdb 3.vmd以生成的pbd為基礎建模，移動，加水，合成乙個整體，加個盒子並匯出data 3.1選擇模型移動 並寫出移動後的pdb 3.2.加水 見我另一條部落格 3.3.合併 各部分pdb並寫出模型pdb 開啟另乙個檔案，並疊加到第乙個檔案結構上 mol ...
chrome主頁被篡改為360該溶液的導航
昨天，安裝遊戲後，發現chrome該主頁被篡改為360導航。可是重新啟動電腦之後，主頁重新被篡改為360導航，快捷方式的屬性中目標也正常。不僅主頁被篡改，chrome的賬戶登入狀態也沒有了，並且啟動chrome都不是全屏開啟。僅僅是乙個未最大化的窗體，有一種類似 恢復出廠設定 的感覺。僅僅要重新啟動...