snakemake是乙個用來編寫任務流程的工具，用python編寫的，因此其執行的流程指令碼也比較通俗易懂，易於理解。
1、安裝snakemake
安裝snakemake的方法有多種，snakemake官方推薦的是conda，安裝方法如下：
conda install -c bioconda snakemake
2、乙個簡單的snakemake指令碼
雖然snakemake廣泛的應用於生物資訊方面的流程編寫，但是snakemake的應用並不侷限於編寫生物資訊學的流程，這裡以乙個簡單的合併檔案的例子開始介紹snakemake的簡單使用。
#首先我們建立兩個檔案
$ echo "here is hello." > hello.txt
$ echo "here is world." > world.txt
#接下來開始編寫我們的snakefile
rule concat: # 這裡的rule可視為snakemake定義的關鍵字，concat使我們自定義的這一步任務的名稱
input: # input同樣是snakemake的關鍵字，定義了在這個任務中的輸入檔案
expand(".txt", file=["hello", "world"]) #expand是乙個snakemake定義的替換命令
output: # output也是snakemake的關鍵字，定義輸出結果的儲存檔案
"merged.txt"
shell: # 這裡表示我們下面的命令將在命令列中執行
"cat > "
#最後就可以在snakefile的路徑執行snakemake命令即可
$ snakemake
$ cat merge.txt
here is hello.
here is world.
rule、input、output、shell、expand均為snakemake中的關鍵字或者命令。同時snakefile中的每乙個rule其實都可以看作是乙個簡單的shell指令碼，通過snakefile將多個rule組織在一起並按照我們定義的順序來執行。另外，在output中的結果檔案可以是未存在目錄中的檔案,這時會自動建立不存在的目錄。
1、rule
rule是snakefile中最主要的部分。如上面的例子所說，每乙個rule定義了一系列pipe中的一步，每乙個rule都可以當作乙個shell指令碼來處理，一般主要包括input、output、shell3個部分。同時還有許多上面沒有列出來的用法：
rule all。不同於其他的rule，在rule all裡面一般不會去定義要執行的命令，他一般用來定義最後的輸出結果檔案。除了rule all中定義的檔案外最後輸出結果不會儲存任何中間檔案。例如將上面的指令碼改成如下檔案則沒有輸出結果：
rule all:
input:
#"merged.txt" 取消注釋後，則能正常輸出檔案
rule concat:
input:
expand(".txt", file=["hello", "world"])
output:
"merge.txt"
shell:
"cat > "
wildcards。用來獲取萬用字元匹配到的部分，例如對於萬用字元"/file..txt"匹配到檔案101/file.a.txt，則threads。通過在rule裡面指定threads引數來指定分配給程式的執行緒數，egthreads: 8。
resources。可用來指定程式執行的記憶體，eg.resources: mem_mb=800。
priority。可用來指定程式執行的優先順序，預設為0，eg.priority: 20。
log。用來指定生成的日誌檔案，eg.log: "logs/concat.log"。
params。指定程式執行的引數，eg.params: cat="-n",呼叫方法為。
run。在run的縮排區域裡面可以輸入並執行python**。
scripts。用來執行指定指令碼，eg.scripts: "rm_dup.py"
temp。通過temp方法可以在所有rule執行完後刪除指定的中間檔案，eg.output: temp("f1.bam")。
protected。用來指定某些中間檔案是需要保留的，eg.output: protected("f1.bam")。
ancient。重複執行執行某個snakefile時，snakemake會通過比較輸入檔案的時間戳是否更改(比原來的新)來決定是否重新執行程式生成檔案，使用ancient方法可以強制使得結果檔案一旦生成就不會再次重新生成覆蓋，即便輸入檔案時間戳已經更新，eg.input: ancient("f1.fastq")。
rule dependencies。可通過快捷方式指定前乙個rule的輸出檔案為此rule的輸入檔案：
rule a:
input: "path/to/input"
output: "path/to/output"
shell: ...
rule b:
input: rules.a.output #直接通過rules.a.output 指定rule a的輸出
output: "path/to/output/of/b"
shell: ...
report。使用snakemake定義的report函式可以方便的將結果嵌入到乙個html檔案中進行檢視。
2. configuration
每計算一次資料都要重寫一次snakefile有時可能會顯得有些繁瑣，我們可以將那些改動寫入配置檔案，使用相同流程計算時，將輸入檔案的檔名寫入配置檔案然後通過snakefile讀入即可。
配置檔案有兩種書寫格式——json和yaml。在snakefile中讀入配置檔案使用如下方式：
configfile: "path/to/config.json"
configfile: "path/to/config.yaml"
# 也可直接在執行snakemake命令時指定配置
$ snakemake --config yourparam=1.5
config[a]而不是config["a"]。
集群計算配置
一般講所有的引數配置寫入snakefile後直接在snakefile所在路徑執行snakemake命令即可開始執行流程任務。一些常用的引數：
--snakefile, -s 指定snakefile，否則是當前目錄下的snakefile
--dryrun, -n 不真正執行，一般用來檢視snakefile是否有錯
--printshellcmds, -p 輸出要執行的shell命令
--reason, -r 輸出每條rule執行的原因,預設false
--cores, --jobs, -j 指定執行的核數，若不指定，則使用最大的核數
--force, -f 重新執行第一條rule或指定的rule
--forceall, -f 重新執行所有的rule，不管是否已經有輸出結果
--forcerun, -r 重新執行snakefile，當更新了rule時候使用此命令
#一些視覺化命令
$ snakemake --dag | dot -tpdf > dag.pdf
#集群投遞
snakemake --cluster "qsub -v -cwd -q 節點佇列" -j 10
# --cluster /-c cmd: 集群執行指令
# qusb -v -cwd -q， 表示輸出當前環境變數(-v),在當前目錄下執行(-cwd), 投遞到指定的佇列(-q), 如果不指定則使用任何可用佇列
# --local-cores n: 在每個集群中最多並行n核
# --cluster-config/-u file: 集群配置檔案
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