5 基因組索引檔案建立 STAR

1.指令碼

1

#!/bin/bash2#
使用star軟體建立人類hg38基因組索引
34 fa_dir="
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/hg38/hg38.fa
"5 gtf_dir="
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/hg38/homo_sapiens.grch38.105.chr.gtf
"6 mkdir -p "
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/index/star/hg38"7
8 star --runmode genomegenerate \
9 --runthreadn 4\
10 --genomedir "
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/index/star/hg38"\
11 --genomefastafiles $fa_dir
\12 --sjdbgtffile $gtf_dir
\13 --sjdbgtfchrprefix "
chr"
\14 --sjdboverhang 149

2 --runthreadn：　　執行的執行緒數，根據你自己電腦的配置來設定，數字越大執行越快

3 --genomedir：　　這個引數很重要，是存放你生成index的檔案路徑，需要你事先建立乙個有可讀寫許可權的資料夾

4 --genomefastafiles 　　基因組fasta格式檔案路徑

5 --sjdbgtffile 　　gtf注釋檔案路徑

6 --sjdboverhang 　　這個值為你測序read的長度減1，是在注釋可變剪下序列的時候使用的最大長度值

7 --sjdbgtfchrprefix -

3.注意事項

基因組資料注釋常用的檔案 Bed檔案和GFF檔案

原文 genomic features通常使用browser extensible data bed 或者 general feature format gff 檔案表示，用ucsc genome browser進行視覺化比較。bed檔案和gff檔案最基本的資訊就是染色體或contig的id或編號，...

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