WDL 6 實踐 fastp質控測序資料

目錄輸入（pair end）測序序列檔案，利用fastp進行qc和質量過濾（包括質量qc統計，adapter去除，序列trimming，過濾等），生成clean reads檔案，以及html的報告。

version 1.0

workflow fastp 
}task pair_end 
string out1_name = "clean-" + basename(in1)
string out2_name = "clean-" + basename(in2)
command <<<
# basic command
/opt/conda/bin/fastp \
--in1 ~ \
--in2 ~ \
--out1 ~ \
--out2 ~ \
--json ~ \
--html ~ \
--report_title ~ \
# options 可選引數使用值得借鑑
~ \~ \
~ \~ \
~>>>
runtime 
output 
}

referenced from aliyun

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