廢話不多說，直接看每一列的表示含義：
下文中read表示sam對應的read，mate表示sam對應read的pairread
第一列：read name，read的名字通常包括測序平台等資訊；
第二列：sum of flags，每個flag用數字來表示，分別為：
1read是pair中的一條（read表示本條read，mate表示pair中的另一條read）
2pair一正一負完美的比對上
4這條read沒有比對上
8mate沒有比對上
16這條read反向比對
32mate反向比對
64這條read是read1
128這條read是read2
256第二次比對
512比對質量不合格
1024read是pcr或光學副本產生
2048輔助比對結果
通過這個和可以直接推斷出匹配的情況。假如說標記不是以上列舉出的數字，比如說83=（64+16+2+1），就是這幾種情況值和。
第六列：cigar值，read比對的具體情況，
「m」表示 match或 mismatch；
「i」表示 insert；
「d」表示 deletion；
「n」表示 skipped（跳過這段區域）；
「s」表示 soft clipping（被剪下的序列存在於序列中）；
「h」表示 hard clipping（被剪下的序列不存在於序列中）；
「p」表示 padding；
「=」表示 match；
「x」表示 mismatch（錯配，位置是一一對應的）；
第七列：mrnm(chr)，mate的reference sequence name，實際上就是mate比對到的染色體號，若是沒有mate，則是*；
第九列：isize，inferred fragment size.詳見illumina中paired end sequencing 和 mate pair sequencing，是負數，推測應該是兩條read之間的間隔(待查證)，若無mate則為0；
第十列：sequence，就是read的鹼基序列，如果是比對到互補鏈上則是reverse completed eg.cgtttctgtgggtgatgggcctgaggggcgttctcn
第十一列：ascii，read質量的ascii編碼。
第十二列之後：optional fields，可選的區域
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