R語言 TCGA資料分析一

我最近在做tcga資料分析，在處理中遇到的問題及其收穫。主要包括：

涉及到的函式有：小寫

大寫 單一的區域性匹配

多個全域性匹配

保留固定長度的字元在ranseqgene中case id 為大寫的，而clincial中為小寫的。需要對case id 做轉換。

方案一：大寫變小寫

tolower(colnames(luad_rnaseqgene))

toupper(rownames(luad_clinical))

grep("\\.01a",colnames(luad_rnaseqgene))

由於case id 很長，我們只需要前面的12或16個字元來作為識別驗證。

substr(colnames(luad_clinical),1,12) # 保留12位

例子

#定義a

> a<-c(1,2,3,4)
#定義b
> b<-c(3,4,5,6,7)
#匹配》 match(a,b) 
[1] na na 1 2 
#a和b中共同的元素
> a[-which(is.na(match(a,b)))]
[1] 3 4
#a和b中共同的元素
> b[match(a,b)]
[1] na na 3 4
#a中有的元素而不在b中
> a[is.na(match(a,b))]
[1] 1 2

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