用法
tophat [options]* [reads1_2,...readsn_2]
tophat允許在
paired reads
之後使用額外的
unpaired reads
，這些unpair reads
既能夠在
paired reads
的末端一側給出，也能夠在單獨的檔案中給出，這些檔案被附加到（逗號隔開）任一側的配對輸入檔案的列表。
例如：tophat [options]* pe_reads_1.fq.gz , se_reads.fa pe_reads_2.fq.gz
‐ or
‐ tophat [options]* pe_reads_1.fq.gz pe_reads_2.fq.gz, se_reads.fa
引數：即index中的索引檔名（該檔案先在bowtie中建立索引）。先在當前目錄中查詢索引檔案，然後查詢當前執行bowtie可執行檔案所在目錄下的indexes子目錄，最後查詢在自定義的環境變數bowtie_indexes（或bowtie2_indexes）中指定的目錄。
建議將要建立索引的基因組序列（reference，fasta檔案）與bowtie索引檔案（index）存在於同一目錄中，並且名稱為.fa。 如果不存在，tophat將從bowtie索引檔案中自動重建此fasta檔案。
包含fastq或fasta格式的reads的檔案，多檔案可用逗號隔開。
<[reads1_2,...readsn_2]>
包含fastq或fasta格式的reads的檔案，多檔案可用逗號隔開。僅當用tophat處理paired-end reads並且含有*_2的檔案時出現，保證檔案1與檔案2的順序相同
options:操作項
-h/--help
顯示幫組文件的資訊，並退出終端
-v/--version
顯示tophat的版本號，並退出終端
-n/--read-mismatches
丟棄錯誤匹配鹼基數超過該數目的比對結果，預設值為2
--read-gap-length
丟棄gap總長度超過該數目的比對結果，預設值為2
--read-edit-dist
丟棄read的edit distance大於該值的比對結果。預設值為2
--read-realign-edit-dist
一些跨越多個外顯子的reads可能會被錯誤地比對到geneome上。tophat有多個比對步驟，每個比對步驟過後，比對結果中包含了edit distance的值。該引數能讓tophat對那些edit distance的值大於等於該引數的reads重新進行比對。若設定該引數值為0，則每個read在多個比對步驟中每次都要進行比對。這樣會加大地增加比對精確性和執行時間。預設下該引數比上乙個引數的值大，則表示對reads進行重新比對。
--bowtie1
使用bowtie1來代替bowtie2進行比對。當使用colorspace reads時用到，因為只有bowtie1支援，而bowtie2不支援。預設為bowtie2
-o/--output-dir
輸出的資料夾路徑。預設為"./tophat_out".
-r/--mate-inner-dist
成對的reads之間的平均inner距離。例如：fragments長度300bp，兩端長度50bp， 則其inner距離為200bp，該值該設為200。預設值：50bp
--mate-std-dev
inner距離的標準偏差。預設值：20bp
-a/--min-anchor-length
read的anchor長度：該引數能設定的最小值為3；錨定在junction兩邊的reads長度只有都大於此值，才能用於junction的驗證。預設值：8
-m/--splice-mismatches
對於乙個剪下比對，其在anchor區能出現的最大的不匹配鹼基數。預設值：0
-i/--min-intron-length
最小的內含子長度。tophat會忽略比該長度要小的donor/acceptor pairs，認為該區屬於外顯子。預設是70.
-i/--max-intron-length
最大的內含子長度。tophat會忽略長度大於該值的donor/acceptor pairs，除非有long read支援。預設值是500000.
--max-insertion-length
最大的插入長度。預設值是3.
--max-deletion-length
最大缺失長度，預設值是3.
--solexa-quals
對fastq檔案使用solexa的鹼基質量格式
--solexa1.3-quals
使用illumina ga pipeline version 1.3的鹼基質量格式，即phred64.
-q/--quals
使用單獨的鹼基質量檔案
--integer-quals
有空格隔開的整數值來代表鹼基質量。當使用 -c 引數時，該引數為預設引數。
-c/--color
colorspace reads, 注意使用乙個 colorspace bowtie 索引而且需要bowtie 0.12.6 及以上.
通常用法: tophat --color --quals [other options]* [reads1_2,...readsn_2] [quals1_2,...qualsn_2]
-p/--num-threads
比對時使用的執行緒數，預設是1.
-g/--max-multihits
對於乙個reads，可能會有多個比對結果，但tophat根據比對給分，最多保留的比對結
果數目。如果沒有--report-secondary-alignments 引數，則只會報告出最佳的比對結果。若最佳比對結果數目超過該引數值，則只隨機報告出該數目的最佳比對結果；若有 --
report-secondary-alignments 引數，則按得分順序報告出比對結果，直至達到預設
的數目為止。
--report-secondary-alignments
預設情況下，tophat根據比對分數（as）報告最佳或主要比對結果。如果要輸出其他或次要比對結果（這種方法最多報告20個比對，此限制可以通過使用上面的-g / - max-multihits選項更改）請使用此選項。
--no-discordant
--no-mixed
--no-coverage-search
取消以coverage為基礎來搜尋junctions，和下乙個引數互斥，該引數為預設引數。
--coverage-search
確定以覆蓋度為基礎來搜尋junctions。以獲得最大靈敏度
--microexon-search
使用該引數，pipeline會嘗試尋找micro-exons。僅僅在reads長度》=50bp時有效。
--library-type
tophat處理的reads具有鏈特異性。比對結果中將會有個xs標籤。一般illumina資料的library-type為 fr-unstranded。
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