conda配置與使用

2. conda的配置與使用

2.5 徹底刪除環境

2.6 環境匯出與匯入

2.7 更新環境

利用conda config --show命令檢視conda的所有基本配置，示例如下：

add_anaconda_token: true

add_pip_as_python_dependency: true
allow_softlinks: true
always_copy: false
always_yes: false
auto_update_conda: true
binstar_upload: none
changeps1: true
channel_alias: 
channel_priority: true
channels:
- - 
client_tls_cert:
client_tls_cert_key:
create_default_packages: 
debug: false
default_channels:
- - 
disallow:

conda config --show

conda config –remove channels 『default』
conda config --add channels 
conda config --add channels 
conda config --add channels /qiime2/
conda config --add channels /bioconda/
conda config --add channels /conda-forge/
conda config --add channels /r/
conda config --add channels /biocore/
##檢視源配置
conda config --show

利用命令conda create -n qiime2 -c qiime2 python=3.5 qiime q2cli建立新的conda環境，其中-n表示環境名稱，-c用來指定源/channel，python=3.5指定python的版本。

然後利用命令source activate qiime2來啟用或者deactivate該環境。

#啟用環境

source activate qiime2
#退出環境
source deactivate qiime2
#檢視已安裝環境
conda env list

conda install pip

pip install package or /path/to/package

conda remove –name qiime2 ipython biopython

conda env remove –name qiime2

conda env export –name qiime2 –file qiime2.yml

#或者conda list -e > spec-file.txt

#如果是用 conda env export --name 匯出的檔案，則可用下列命令建立：

conda env create -f qiime2.yml
#如果是用 conda list -e 匯出的檔案，則用如下方式建立：
conda create –name –file

conda env update –name bunnies –file=environment.yml

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