官方手冊：
基因組比對軟體常用bwa，轉錄組比對軟體常用bowtie2、hisat2等，其中有參考基因組的常用hisat2，沒有參考基因組的常用bowtie2。下面我們來介紹一下hisat2的使用方法～
一、建立索引
建立基因組索引
hisat2-build –p 4 genome.fa genome
建立基因組+轉錄組+snp索引：
bowtie2的索引只有基因組序列資訊，tophat2比對時，轉錄組資訊通過-g引數指定。hisat2建立索引時，就應該把轉錄組資訊加進去。
hisat2提供兩個python指令碼將gtf檔案轉換成hisat2-build能使用的檔案：
extract_exons.py homo_sapiens.grch38.83.chr.gtf>genome.exon
extract_splice_sites.py homo_sapiens.grch38.83.chr.gtf>genome.ss
此外，hisat2還支援將snp資訊加入到索引中，這樣比對的時候就可以考慮snp的情況。這仍然需要將snp檔案轉換成hisat2-build能使用的檔案：
extract_snps.py snp142common.txt>genome.snp
最後，將基因組、轉錄組、snp建立索引：
hisat2-build -p
4 genome.fa --snp genome.snp --ss genome.ss --exon genome.exon genome_snp_tran
執行hisat2
hisat2 -p
16-x ./grch38_tran/genome_tran -1 srr534293_1.fastq -2 srr534293_2.fastq –s srr534293.sam
-p 執行緒數
-x 指定基因組索引
-1 指定第乙個fastq檔案
-2 指定第二個fastq檔案
-s 指定輸出的sam檔案
官方操作手冊簡要版
用法：hisat2 [options]* -x [-s ]
輸入選項：
-q輸入檔案為fastq格式。fastq格式為預設引數。
-qseq
輸入檔案為qseq格式。
-f輸入檔案為fasta格式。
-r輸入檔案中，每一行代表一條序列，沒有序列名和測序質量等。選擇此項時，–ignore-quals引數也會被選擇。
-c此引數後是直接比對的序列，而不是包含序列的檔名。序列間用逗號隔開。選擇此項時，–ignore-quals引數也會被選擇。
-s/–skip
跳過輸入檔案中前條序列進行比對。
-u/–qupto
只使用輸入檔案中前條序列進行比對，預設是沒有限制。
-5/–trim5
比對前去除每條序列5』端個鹼基
-3/–trim3
比對前去除每條序列3』端個鹼基
–phred33
輸入的fastq檔案鹼基質量值編碼標準為phred33，phred33為預設引數。
–phred64
輸入的fastq檔案鹼基質量值編碼標準為phred64。
–solexa-quals
將solexa的鹼基質量值編碼標準轉換為phred。
–int-quals
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