DIAMOND 超快的蛋白序列比對軟體

相見恨晚，還好遇到了它

今天用blastx將我的轉錄本序列在uniprot蛋白資料庫(700w條序列)中搜尋，80個執行緒，過了1小時大概就分析1000條吧。實在是有點慢，於是我想到之前耳聞的diamond，據說速度非常快，於是我測試了下。沒想到，這工具居然那麼快。

根據diamond介紹，它有以下特點

我就看中它一點，速度快。

軟體安裝異常的簡單，因為提供了預編譯的64位可執行檔案

wget tar xzf diamond-linux64.tar.gz # 有root全新啊 sudo mv diamond /usr/local/bin # 無root許可權, ~/bin是自己當前目錄下 mv diamond ~/bin

因為 diamon的功能就是將蛋白或者翻譯後的核苷酸和蛋白資料庫進行比對，沒有blast那麼多功能，所以軟體使用也是異常的簡單。

wget gunzip nr.gz

第二步: 建庫。就兩個引數，--in nr輸入檔案，--db nr輸出的資料庫字首

diamond makedb --in nr --db nr

第三步: 搜尋。就兩個子命令，blastp和blastx，前者比對蛋白，後者比對dna序列

diamond blastx --db nr -q reads.fna -o dna_matches_fmt6.txt diamond blastp --db nr -q reads.faa -o protein_matches_fmt6.txt

-q/--query輸入檢索序列，--out/-o輸出檔案，預設以--outfmt 6輸出結果和blast+的--outfmt 6結果一致。

注意事項:

效能優化:

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