在利用rna-seq注釋基因組時，有乙個問題就是，我將不同組織**的轉錄組資料和參考基因組比對之後，那下一步是1）先將這三個比對結果進行合併，然後用stringtie進行**，還是2）用stringtie分別進行**，然後用stringtie的merge模式進行合併？
這個問題的提出，是我採取第二種方式時，發現合併後的基因數減少，覺得**不太對勁，於是用i**檢查了不同分析策略的結果，
結論如下：
stringtie 的merge模式能夠合併不同的**的結果，但在合併的同時會根據fpkm，tpm和轉錄本長度過濾，最終結果可以認為是在所有樣本裡面都是有所表達的基因，因此最終的數目會少一些。同時由於某些基因表達量低，單個樣本裡由於read數少無法覆蓋基因，因此最終的**結構還完整。
因此，需要先將bam合併後，然後進行**，如果為了輸出結果的可靠性，還可以根據fpkm和tpm做過濾。
線粒體和葉綠體的基因組特點 基因和基因組
基因 gene 是能夠編碼蛋白質或者rna等具有特定功能產物的 負載遺傳資訊的基本單位，即有遺傳效應的dn 段 可以理解為 gene protein rna mrna trna rrna 基因組 genome 是指乙個生物體內所有遺傳物質的總和，對於含有線粒體或者葉綠體等結構的生物來說，還包括其中的...
人基因組（一）
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比較基因組學
以 全基因組 測序為目標的 結構基因組學 structural genomics 以 基因功能鑑定 為目標的 功能基因組學 functional genomics 又被稱為後基因組 postgenome 比較基因組學 comparative genomics 是基於基因 譜和測序基礎上，對已知的基因...